K562细胞中N-乙酰基转移酶10的RNA结合图谱分析 |
| |
作者姓名: | 李高原 王妍然 王芳 余佳 |
| |
作者单位: | 中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室 |
| |
基金项目: | 国家杰出青年科学基金(31725013); |
| |
摘 要: | 目的 对N-乙酰基转移酶10 (NAT10)在人慢性髓原白血病细胞系K562中的RNA结合图谱进行描绘。方法 利用紫外交联免疫沉淀技术(eCLIP)捕获NAT10在K562细胞中结合的转录本集合,对其进行高通量测序,并对数据进行生物信息学分析。通过peak-calling分析和对peaks进行注释,鉴定NAT10结合位点。并对所结合基因的类型和结合区域进行分析。进一步通过基因功能富集分析,探索其结合的RNA的功能。结果 NAT10主要结合于蛋白质编码基因的转录本,并在3′非翻译区域(3′UTR)富集,预测显示其结合的转录本与DNA损伤修复等功能相关。结论 NAT10可能通过与DNA损伤修复相关信使RNA(mRNA)的3′UTR区域结合,实现基因表达调控作用。
|
关 键 词: | N-乙酰基转移酶10 K562细胞 紫外交联免疫沉淀测序技术(eCLIP-seq) |
|