人肝癌细胞系HepG2和Huh7中的基因组拷贝数变异分析

目的 利用人肝细胞癌拷贝数变异和转录组实验，结合临床公共数据，探索肝细胞癌的拷贝数变异对肝癌发生发展的影响。方法 用光学基因组图谱技术识别肝癌细胞系HepG2和Huh7中的拷贝数变异，随后分析两种细胞系拷贝数变异基因的功能，并根据富集通路绘制蛋白质相互作用网络。选取两个细胞系核心网络中的关键基因，分析肝细胞癌拷贝数变异与基因表达之间的关系。GEPIA数据库分析基因表达与患者临床生存的关系。用RNA-seq实验和公共数据验证基因的表达水平。结果 HepG2细胞主要存在拷贝数增加，相关基因富集在雌激素信号通路、金黄色葡萄球菌感染等通路；Huh7细胞系中既有拷贝数增加又有减少，相关基因主要富集嗅觉传导、细胞因子-细胞因子受体相互作用等通路。关键基因SRC、MAPK3和MAP3K7拷贝数与基因表达成正比，并且高表达这些基因的患者生存期显著降低(P<0.05)。相比于HEK293T细胞系，SRC、MAP3K7基因在两个肝癌细胞系的表达显著升高(P<0.001),提示了肝细胞癌的特异性变异，MAPK3无差异。结论 肝细胞癌拷贝数变异基因SRC、MAP3K7的表达与患者的预后显著相关，可...