转录组测序结合TMT蛋白质组学技术对脊髓损伤小鼠关键基因预测及相关病理机制研究

目的 通过转录组测序（RNA sequencing，RNA-Seq）和TMT蛋白质组学技术，筛选差异表达的基因及蛋白，探讨脊髓损伤后复杂的病理机制。方法 50只雌性C57BL/6小鼠随机分为假手术组、模型组，每组25只。采用钳夹法在腰1处制备小鼠脊髓损伤模型，14 d后进行取材。采用后肢运动功能评分（basso mouse scale，BMS）评估小鼠后肢运动功能变化；HE染色法观察脊髓损伤区病理形态学变化；RNA-Seq技术筛选差异基因；TMT蛋白组学分析筛选差异蛋白；结合2种测序技术筛选变化趋势吻合的mRNA和蛋白并进行生物信息学分析。结果 与假手术组相比，模型组中BMS评分明显降低（P<0.05）；HE染色显示脊髓损伤区域结构疏松紊乱，出现空洞，细胞核固缩，炎性浸润严重，神经元坏死；RNA-Seq共筛选出565个差异mRNA，其中545个上调，20个下调，TMT蛋白组学共筛选出339个差异蛋白，其中278个上调，61个下调；2种测序的聚类热图显示2组样本的表达模式差异大；韦恩图分析获得83个趋势上调的mRNA或蛋白；蛋白互作（protein-protein interaction，PPI）网络分析获得11个核心靶点；GO富集分析显示分子功能或生物过程主要在免疫应答、溶酶体途径、细菌反应、液泡裂解等方面；KEGG富集通路主要在结核病变、溶酶体、吞噬小体途径等通路。结论 本研究筛选出的11个mRNA或蛋白可能是调控脊髓损伤病理过程的核心靶点，病理机制可能与免疫应答途径、溶酶体和吞噬小体等通路密切相关。

Prediction of key genes and study of related pathological mechanisms in mice with spinal cord injury by RNA sequencing combined with TMT proteomics technology