| 探讨x2检验结合FDR筛选致病SNPs位点的适用条件 |
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| 引用本文： | 郑娟娟,孙远洁,李昂,温琪,佟海龙,刘艳,赵晓雯. 探讨x2检验结合FDR筛选致病SNPs位点的适用条件[J]. 实用预防医学, 2012, 19(11) |
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| 作者姓名： | 郑娟娟 孙远洁 李昂 温琪 佟海龙 刘艳 赵晓雯 |
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| 作者单位： | 1. 哈尔滨医科大学卫生统计学教研室 黑龙江哈尔滨150081
2. 哈尔滨医科大学卫生经济学教研室 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金，黑龙江省自然科学基金 |
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| 摘 要： | 目的 在单核苷酸多态性(SNPs)数据中探讨不同模拟条件x2检验结合错误发现率(FDR)筛选SNPs位点的适用条件.方法 依据2009年2月发布HapMapⅢ期美国犹他州北欧和西欧后裔人群22号染色体前5000个SNPs数据,采用HAPGEN2模拟病例对照数据,运用Haploview4.2筛选标签SNPs(TagSNPs),比较不同模拟条件筛选致病SNPs的正确率.结果 相对危险度(RR)获取方式无显著差异；3种遗传模型均表现正确率随RR值增大而增高,RR相同时,加性模型正确率最高,显性模型次之,隐性模型最低；加性模型RR＞2.2、显性模型RR＞4和隐性模型RR＞5时,正确率超过60％.结论 x2检验结合FDR在加性模型效果最佳,实际科研工作需依据目标疾病具体情况考虑是否适合x2检验结合FDR方法.
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| 关 键 词： | 单核苷酸多态性 相对危险度 遗传模型 x2检验 错误发现率 |
Exploration of the Applicable Conditions of x2 Test Combined with False Discovery Rate for Screening Pathogenic SNPs |
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