| PCBP2基因座位上长非编码RNA的筛选与鉴定 |
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| 引用本文： | 赵阿妮,朱丽媛,吴朝,刘雪梅,阴彬,张靖. PCBP2基因座位上长非编码RNA的筛选与鉴定[J]. 基础医学与临床, 2013, 33(6): 694-698 |
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| 作者姓名： | 赵阿妮 朱丽媛 吴朝 刘雪梅 阴彬 张靖 |
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| 作者单位： | 1. 中国医学科学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室,北京,100005
2. 河北北方学院病理及病理生理学实验室,河北张家口,075000 |
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| 摘 要： | 目的从EST鉴定入手利用生物信息学方法筛选验证PCBP2基因内部UC.338基因座位附近的长非编码RNA。方法首先利用生物信息学方法筛选包含内含子转录区域的ESTs,经CPC分析和统计学比较,共筛选到4个(人、鼠各两个)可能的lncRNAs,用PCR方法进行鉴定,克隆到pGEM-T载体测序验证,并用PCR,real-time PCR的方法检测各ESTs在人源细胞系或小鼠不同组织,小鼠发育不同时间点大脑中的表达谱。结果筛选到4个ESTs中有3个ESTs均具有一定的非编码特征,并最终测序正确:1个人源,2个鼠源,并且其中有些lncRNAs具有一定的细胞、组织特异性,有些lncRNAs具有广谱表达模式。结论使用了一种新的寻找lncRNAs的方法,从EST鉴定入手,对现有数据库进行了挖掘。找到了可能在小鼠大脑发育过程中起作用的lncRNAs。
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| 关 键 词： | ESTs 生物信息学分析 long noncoding RNA 筛选 鉴定 表达谱分析 |
Screening and identification of long noncoding RNAs in PCBP2 gene locus |
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| ZHAO A-ni,ZHU Li-yuan,WU Zhao,LIU Xue-mei,YIN Bin,ZHANG Jing. Screening and identification of long noncoding RNAs in PCBP2 gene locus[J]. Basic Medical Sciences and Clinics, 2013, 33(6): 694-698 |
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| Authors: | ZHAO A-ni ZHU Li-yuan WU Zhao LIU Xue-mei YIN Bin ZHANG Jing |
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| Affiliation: | 1*(1.the National Laboratory of Medical Molecular Biology,Institute of Basic Medical Sciences,PUMC,Beijing 100005; 2.the Laboratory of Pathology and Pathophysiology,HeBei North Unive,Zhangjiakou 075000,China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | ESTs bioinformatic analysis long noncoding RNA screening identification expression |
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