基于GEO数据库对亚急性皮肤型红斑狼疮差异基因的筛选及生物信息学分析 |
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引用本文: | 王晓龙,杜金锋,赵金涛,裴广德.基于GEO数据库对亚急性皮肤型红斑狼疮差异基因的筛选及生物信息学分析[J].中国卫生检验杂志,2022(21):2640-2643. |
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作者姓名: | 王晓龙 杜金锋 赵金涛 裴广德 |
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作者单位: | 焦作煤业(集团)有限责任公司中央医院皮肤科 |
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摘 要: | 目的 运用生物信息学方法探讨亚急性皮肤型红斑狼疮(subacute cutaneous lupus erythematosis,SCLE)组织中的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。方法 从GEO数据库下载数据集并筛选出SCLE组织中的DEGs,利用GO和KEGG分析对DEGs进行功能和通路注释,同时使用String数据库构建互作网络并筛选出Hub基因,选择和SCLE显著相关的前10个Hub基因并进行验证。结果 对芯片数据集GSE112943进行DEGs分析后共得到显著上调的基因175个,显著下调的基因167个。GO富集分析DEGs主要富集于对病毒的防御反应、免疫反应、病毒基因组复制的负调控、I型干扰素信号通路及炎症反应等生物学进程,KEGG通路富集分析DEGs主要富集于细胞因子-细胞因子受体相互作用、细胞黏附分子、氨基酸代谢、细胞外基质和受体相互作用等通路。PPI网络中ISG15、RSAD2、IFIT3、IRF7、IFI44、IFI6、IFI44L、OAS1、OAS2和OAS3是SCLE的关键基因。相对于正常皮肤组织,SCLE患者皮...
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关 键 词: | 亚急性皮肤型红斑狼疮 GEO数据库 生物学过程 发病机制 富集分析 |
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