| SARS冠状病毒主要蛋白酶构象运动性分析 |
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| 引用本文： | 陈浩,马文喆,来鲁华. SARS冠状病毒主要蛋白酶构象运动性分析[J]. 北京大学学报(医学版), 2003, 35(Z1): 111-112 |
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| 作者姓名： | 陈浩 马文喆 来鲁华 |
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| 作者单位： | 北京大学化学与分子工程学院,北京大学理论生物学中心,分子动态与稳,态国家重点实验室,北京,100871 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金;20173001,90103029; |
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| 摘 要： | SARS冠状病毒3CL蛋白酶的单体结构由3个结构域构成,其中第1、2个结构域紧密堆积成糜胰蛋白酶折叠类型,第3个结构域由5个α螺旋构成,较为独立.有实验证明3CL蛋白酶的α螺旋结构域的缺失会影响酶的催化活性.另外3CL蛋白酶还有可能具有RNA结合功能.因此研究α螺旋结构域的作用有助于认识SARS冠状病毒3CL蛋白酶的生物功能.我们对于SARS冠状病毒 3CL蛋白酶的单体分子进行了分子动力学模拟,采取全原子模型,加入溶剂水分子,进行了3 次1 ns的模拟.同时我们还利用弹性网络模型对于SARS冠状病毒3CL蛋白酶进行了正则振动分析.分子动力学模拟及正则振动分析表明α螺旋结构域相对于糜胰蛋白酶结构部份有整体的大运动,在两个垂直的方向上有方向相反的振动模式(图1).原子热运动分析表明酶催化活性附近的两个表面环区有较大的构象运动性.
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| 关 键 词： | SARS冠状病毒3CL蛋白酶 蛋白质 构象运动性 分子动力学模拟 正则振动分析 |
Conformational flexibility of the SARS coronavirus main proteinase |
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