变异链球菌CRISPR-Cas9系统csn2基因突变株的转录组学分析

  目的  对变异链球菌CRISPR-Cas9系统csn2基因突变株的转录组基因表达差异进行分析。  方法  培养变异链球菌UA159、csn2基因的缺失菌株Δcsn2及回补菌株。提取总RNA，采用高通量测序技术，进行转录组测序，基于差异表达基因GO和KEGG数据库分析的基础上，对其参与的生物学过程进行挖掘，采用qRT-PCR的方法验证转录组测序结果。  结果  转录组结果显示与UA159相比，Δcsn2中基因表达量变化在1倍以上的基因有176个（P<0.05），其中上调表达基因72个，下调表达基因104个，通过GO功能富集分析及KEGG代谢通路富集分析，发现上调和下调的差异表达基因（DEG）均参与的功能为氨基酸转运和代谢。除此之外，上调的DEG参与的生物过程主要与碳水化合物代谢、能量产生和转化、转录等有关；下调的DEG主要与脂质代谢、DNA的复制、重组和修复、信号转导机制、核苷酸转运和代谢等生物过程有关，还有部分DEG的功能尚不清楚。qRT-PCR验证发现，与UA159及Δcsn2/pDL278-csn2 菌株相比，与支链氨基酸形成相关的基因leuA、leuC和leuD在Δcsn2中的表达显著下调。  结论  通过转录组测序和qRT-PCR验证发现Δcsn2中与支链氨基酸合成与细胞膜通透性相关的基因表达量发生了明显变化。