应用寡核苷酸芯片技术探索原发性肝细胞癌发生发展中的差异表达基因

目的应用寡核苷酸芯片技术进行高通量分析原发性肝细胞癌与癌旁组织以及正常肝组织的差异表达基因,探索与肿瘤进展相关的靶基因。方法对原发性肝细胞癌患者的癌组织、癌旁组织以及正常肝组织,应用Trizol-步法进行总RNA抽提,10g/L琼脂糖凝胶电泳和芯片实验室进行RNA质量检测。总RNA纯化后进行逆转录cRNA合成、荧光标记和纯化,将癌组织和正常肝组织、癌组织和癌旁肝组织的cRNA探针分别与Agilent寡核苷酸芯片(21 074探针)进行杂交,洗涤后应用Agilent扫描仪获取图像,特征提取软件进行定量分析处理。挑选明显差异表达的基因进行SYBR Green I染料掺入的荧光实时逆转录聚合酶链反应验证。结果(1)配对组织总RNA质量高,反转录cRNA及荧光标记质量好；(2)2倍差异表达基因中,上调基因共420个,下调基因共552个,其中包括5倍上调基因DKK1；(3)以β-肌动蛋白为内对照的实时逆转录聚合酶链反应结果提示,DKK1在癌、癌旁和正常肝组织中的2~(-ΔCt)值分别为0．089 504、0．007 65和0．000 631。结论应用Agilent寡核苷酸芯片高通量、高效率地分析原发性肝细胞癌发生发展过程中的基因表达差异,可以筛选新的治疗靶点；原发性肝细胞癌的发生发展涉及多基因、多步骤,是一个复杂的过程；DKK1可能是原发性肝细胞癌发展过程中的新的分子靶点,其表达变化涉及肿瘤进展。

Exploration of differential expressed genes involved in the development and progression of hepatocellular carcinoma using oligomicroarray