| 恙虫病东方体0t56蛋白序列生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 刘昌政,郭瑜琪,李小聪,周晓红,李华.恙虫病东方体0t56蛋白序列生物信息学分析[J].热带医学杂志,2008,8(8). |
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| 作者姓名： | 刘昌政 郭瑜琪 李小聪 周晓红 李华 |
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| 作者单位： | 南方医科大学公共卫生与热带医学学院病原生物系,广州,510515 |
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| 基金项目： | 广东省公共卫生应急技术研究专项 |
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| 摘 要： | 目的分析恙虫病东方体Ot56蛋白序列中的变异区和保守区,为恙虫病的蛋白与核酸诊断提供参考。方法从GenBank获取目标序列,用Lasergene、MEGA、Vector NTI suite、AthePort和NCBI Blast等工具进行分析。结果120条Ot56氨基酸序列的相似性为61.4%～100.0%,变异度为0.0～57.1;氨基酸的105～171、179～215、248～285、375～428和447～503区域为高变异区;膜外区200～400具有变异度高、抗原性强的特性。113条Ot56cDNA序列的相似性为41.8%～100.0%,变异度为0.0～116.1;其中303～481、562～667、756～842、1136～1243和1386～1568等5个区域属高变异区,而0～54、97～171、265～303、439～482、1015～1047和1477～1542为6个保守片段。结论恙虫病东方体Ot56蛋白具有5个高变异区,第200～400位氨基酸附近可能是株(型)特异性表位所在区域,其重组蛋白具有潜在的株(型)鉴定价值。根据cDNA6个保守片段设计引物,进行Ot56核酸检测可能在不同株(型)恙虫病东方体检测中具有较高的敏感性。
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| 关 键 词： | 恙虫病东方体 Ot56蛋白 生物信息学 |
Bioinformatics Analysis of Ot56 Protein in Orientia tsutsugamushi |
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| LIU Chang-zheng,GUO Yu-qi,LI Xiao-cong,ZHOU Xiao-hong,LI Hua.Bioinformatics Analysis of Ot56 Protein in Orientia tsutsugamushi[J].Journal Of Tropical Medicine,2008,8(8). |
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| Authors: | LIU Chang-zheng GUO Yu-qi LI Xiao-cong ZHOU Xiao-hong LI Hua |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Orientia tsutsugamushi Ot56 protein bioinformation |
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