| 基于生物信息学和机器学习的心肌梗死后心室重构关键基因的筛选 |
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| 引用本文： | 李兴渊,朱明军,彭广操,王建茹.基于生物信息学和机器学习的心肌梗死后心室重构关键基因的筛选[J].郑州大学学报(医学版),2022(5):623-631. |
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| 作者姓名： | 李兴渊 朱明军 彭广操 王建茹 |
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| 作者单位： | 河南中医药大学第一附属医院心内科 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(82004311)；;河南省科技攻关项目(202102310492)；;河南省中医药科学研究专项课题(2019JDZX2013,20-21ZY2187)；;河南省博士后科研项目启动基金资助项目(202001045)； |
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| 摘 要： | 目的:利用生物信息学和机器学习筛选心肌梗死后心室重构(VRpMI)中的关键基因，并探索其对VRpMI的诊断价值。方法:从GEO数据库分别下载GSE132143中健康人和VRpMI患者心室组织的测序数据，猪心肌梗死后6个月梗死区和梗死远端区组织的测序数据，GSE775中小鼠心肌梗死后48 h、8周及正常小鼠心室组织的表达谱数据。基于健康人和VRpMI患者心室组织的测序数据，利用edgeR包和加权基因共表达网络分析筛选重要差异表达基因(DEG);通过LASSO算法和SVM-RFE算法筛选关键基因，并利用自身数据和猪、小鼠数据分析关键基因诊断VRpMI的价值；最后，对关键基因开展单基因的基因集富集分析。结果:共获得355个重要DEG,从中筛选出1个关键基因即神经元正五聚蛋白2(NPTX2)。NPTX2在自身数据和小鼠、猪验证数据中的AUC(95%CI)分别为0.996(0.984～1.000)、0.972(0.895～1.000)和0.963(0.882～1.000)。单基因的基因集富集分析显示，NPTX2富集于心肌收缩、鞘脂类代谢、细胞凋亡、谷胱甘肽代谢等19个信号通路。结论:NPTX2可...
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| 关 键 词： | 心肌梗死后心室重构 生物信息学 加权基因共表达网络分析 机器学习 生物标志物 |
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