| 胆管癌中异柠檬酸脱氢酶基因突变潜在靶基因的鉴定 |
| |
| 引用本文： | 王迪,李晴,佟伟民,牛亚梅.胆管癌中异柠檬酸脱氢酶基因突变潜在靶基因的鉴定[J].基础医学与临床,2020,40(4):512-517. |
| |
| 作者姓名： | 王迪 李晴 佟伟民 牛亚梅 |
| |
| 作者单位： | 中国医学科学院基础医学研究所 北京协和医学院基础学院 病理学系/中国医学科学院分子病理中心,北京100005;中国医学科学院基础医学研究所 北京协和医学院基础学院 病理学系/中国医学科学院分子病理中心,北京100005;中国医学科学院基础医学研究所 北京协和医学院基础学院 病理学系/中国医学科学院分子病理中心,北京100005;中国医学科学院基础医学研究所 北京协和医学院基础学院 病理学系/中国医学科学院分子病理中心,北京100005 |
| |
| 基金项目： | 中国医学科学院医学表观中心 |
| |
| 摘 要： | 目的鉴定胆管癌中异柠檬酸脱氢酶(IDH)基因突变的潜在靶基因。方法下载TCGA胆管癌项目的DNA甲基化、转录组数据。将IDH突变型肿瘤与IDH野生型肿瘤进行比较,分别通过limma和DESeq2进行差异甲基化位点和差异表达分析。对差异表达基因的表达量进行标准化处理并与相应差异甲基化位点的甲基化水平进行Spearman相关性分析。筛选出高甲基化、低表达且两者呈负相关的基因进行富集分析以探究其功能。构建蛋白质互作网络并通过MCODE筛选出核心模块。结果分析得到11605个差异甲基化位点,其中10427个位点高甲基化;而735个差异表达基因中有651个基因下调,其中的143个基因与328个高甲基化位点形成330对强负相关组合。上述143个基因富集于表皮生长因子受体信号通路、细胞外渗及细胞分裂的调控,通过构建蛋白质相互作用(PPI)网络筛选出核心模块的10个基因,分别参与了上皮细胞的分化发育、细胞蛋白质定位等生物学过程。结论本研究通过整合TCGA胆管癌DNA甲基化和转录组数据,得到了IDH突变所影响的潜在靶基因并确定其PPI网络核心模块,为阐明IDH突变在胆管癌发生发展中的作用提供了新的线索。
|
| 关 键 词： | 胆管癌 异柠檬酸脱氢酶突变 靶基因 DNA甲基化 基因表达 |
Identification of potential target genesfor isocitrate dehydrogenase mutations in cholangiocarcinoma |
| |
| WANG Di,LI Qing,TONG Wei-min,NIU Ya-mei.Identification of potential target genesfor isocitrate dehydrogenase mutations in cholangiocarcinoma[J].Basic Medical Sciences and Clinics,2020,40(4):512-517. |
| |
| Authors: | WANG Di LI Qing TONG Wei-min NIU Ya-mei |
| |
| Institution: | (Department of Pathology, Molecular Pathology Research Center CAMS, Institute of Basic Medical Sciences CAMS,Institute of Basic Medicine PUMC, Beijing 100005, China) |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | cholangiocarcinoma isocitrate dehydrogenase mutation target gene DNA methylation gene expression |
| 本文献已被 CNKI 维普 万方数据 等数据库收录！ |
|
