根皮苷对食管癌细胞系表达谱的影响

目的 研究根皮苷对食管癌细胞系表达谱的影响，探索根皮苷作用于食管癌细胞系的信号通路及其潜在功能。方法 使用根皮苷处理人食管癌KYSE450细胞，提取总RNA并建立测序文库，进行转录组测序；使用DESeq2程序鉴定差异表达基因，对差异表达基因进行基因本体（gene ontology，GO）功能及京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes，KEGG）通路富集分析；使用MCODE进行差异基因核心模块筛选，使用GEPIA数据库分析核心模块中的基因对食管癌生存的影响；使用TIMER在线分析根皮苷对食管癌组织免疫细胞浸润的影响。结果 转录组测序结果显示，根皮苷处理后的食管癌细胞具有4602个差异表达基因，其中2407个为上调基因，2195个为下调基因。通路富集分析显示，根皮苷对蛋白质加工、胰岛素抵抗、基因复制和细胞周期等信号通路产生影响。在差异表达基因核心模块中，E3泛素蛋白连接酶2（E3 ubiquitin ligase mind bomb 2，MIB2）高表达可降低食管癌患者的总体生存率；环指蛋白19B（ring finger protein 19B，RNF19B）、三重基序蛋白69（tripartite motif-containing protein 69，TRIM69）、泛素连接酶（ubiquitin conjugating enzyme，UBC）和克隆E3泛素连接酶（homologous to the E6-associated protein carboxyl terminus domain containing 2，HECTD2）的表达水平可影响食管癌癌组织的纯度以及免疫细胞浸润的类型。结论 根皮苷可影响食管癌细胞的转录谱，其差异表达基因主要集中在细胞生长相关的信号通路。

Effect of phlorizin on expression profile of esophageal cancer cell lines