寡发酵链球菌乳酸脱氢酶蛋白质结构的预测

目的 探讨寡发酵链球菌和口腔中不同产酸能力的细菌乳酸脱氢酶(lactatedehydrogenase,LDH)基因序列和蛋白质各级结构的差异,为进一步研究寡发酵链球菌糖代谢的生化机制提供依据.方法 寡发酵链球菌LDH的基因序列由中科院微生物所测出.通过美国国家生物技术信息中心的Genbank数据库查找变形链球菌、血链球菌和干酪乳杆菌LDH的基因序列,用BLAST软件对各细菌LDH的基因序列和氨基酸序列进行比对.采用蛋白分析专家系统(Expert Protein Analysis System,ExPASy)对寡发酵链球菌、变形链球菌、血链球菌和干酪乳杆菌LDH蛋白质的理化性质、二级结构、结构域和空间结构进行预测并比较.结果 寡发酵链球菌LDH的基因序列共987个碱基对,与血链球菌相似性最高(89％),与变形链球菌的相似性为81％,与干酪乳杆菌相似性最低(70％)；寡发酵链球菌LDH氨基酸序列与血链球菌的相似性高达96％,与变形链球菌相似性较低(86％),与干酪乳杆菌的相似性仅为66％；寡发酵链球菌LDH蛋白质的理化性质、跨膜区数目、二级结构的比例、结构域位置与其他3种细菌均相近,LDH的空间结构与变形链球菌、干酪乳杆菌明显不同,与血链球菌也有差异.结论 寡发酵链球菌LDH在基因序列、氨基酸序列及空间结构上与变形链球菌和干酪乳杆菌的差异,可能是导致其LDH生物学功能改变,不能产生乳酸的一个内在原因.

Protein structure prediction of the lactate dehydrogenase of Streptococcus oligofermentans