HRM技术检测β-地中海贫血IVS-2-654(C＞T)与-28(A＞G)突变方法的建立及初步应用

目的 建立基于高分辨率熔解曲线(HRM)技术快速筛查β-地中海贫血(简称β-地贫)基因突变的方法,并初步探讨其临床应用价值.方法 选取温州地区人群β-地贫常见基因突变位点IVS-2-654(C＞T)与-28(A ＞G)作为研究位点,采用TA克隆技术构建其质粒DNA作为模板或基因分型对照,建立基于HRM技术检测β-地贫基因突变的方法,并对该方法的特异性、重复性、灵敏度等指标进行方法学评价.收集2009年11月至2010年10月温州医学院附属第二医院、育英儿童医院临床疑似β-地贫患者117例,抽取外周血标本,提取外周血白细胞DNA,用该方法进行IVS-2-654(C＞T)与-28(A ＞G)位点的HRM检测,并将检测结果与双向直接测序做比较.结果 建立的HRM技术可对β-地贫IVS-2-654(C＞T)与-28(A＞G)突变位点进行检测,未见非特异性扩增片段；不同基因型HRM检测的批内、批间熔解温度(Tm)值的变异系数(CV)均＜0.1％；该法最低可检出103拷贝的DNA模板,并可检测低至10％的突变存在.117份临床疑似β-地贫患者样本经该法检测,45份为IVS-2-654(C＞T)杂合突变型,9份为-28(A＞G)杂合突变型,未发现2个位点的纯合突变型基因；此结果与直接测序所得基因型结果完全一致.结论 建立的HRM技术操作简便,特异性强,灵敏度高,可用于β-地贫基因突变筛查,并为β-地贫其他突变位点的检测及基因组单核苷酸多态性分型等提供了一个通用的技术平台.