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| 荧光交换标记法基因表达芯片的数据挖掘 | |
| 引用本文： | 廖之君,马文丽,梁爽,刘华,张海燕,陈数珍,郑文岭.荧光交换标记法基因表达芯片的数据挖掘[J].福建医科大学学报,2008,42(3):236-239. |
| 作者姓名： | 廖之君 马文丽 梁爽 刘华 张海燕 陈数珍 郑文岭 |
| 作者单位： | 1. 南方医科大学基因工程研究所,广州,510515;福建医科大学生物化学与分子生物学系,福州,350004 2. 南方医科大学基因工程研究所,广州,510515 3. 南方医科大学基因工程研究所,广州,510515;华南基因组研究中心,广州,510800 |
| 基金项目： | 广东省生物芯片重点实验室基金 |
| 摘 要： | 目的 探讨荧光染料交换标记设计的基因芯片数据挖掘方法,并对低剂量电离辐射影响人成纤维细胞基因表达谱数据进行分析.方法 应用GencSifter在线软件和 Panther 生物学信息数据库,对下载于NCBI的GEO数据库的 8 个样品 GSM(包含4个时间点),选择正确的参数设置上载数据,运用ANOVA方法进行数据挖掘,并对差异表达基因进行功能归类分析.结果 获得203条差异表达基因,合并相同基因名后为176条基因.双向聚类和主成分分析发现,样品的24 h时间点基因表达谱与前3个时间点有显著差异,功能归类分析提示,多个生物通路如细胞周期、核酸代谢、DNA代谢等被显著激活.结论 应用这种方法可以挖掘荧光交换标记的微阵列数据,低剂量电离辐射对人成纤维细胞基因表达有时间累积效应,可能引起DNA损伤、细胞周期阻滞等变化,诱导细胞凋亡. |
| 关 键 词： | 荧光 成纤维细胞 辐射 电离 芯片分析技术 自动数据处理 光交换 标记法 基因表达芯片 数据挖掘 Microarrays Gene Expression Mining 诱导细胞凋亡 变化 细胞周期阻滞 损伤 累积效应 时间 低剂量电离辐射 微阵列数据 换标 荧光 激活 核酸代谢 生物通路 |
| 文章编号： | 1672-4194(2008)03-0236-04 |
| 修稿时间： | 2007年9月21日 |
Data Mining of Dye-Swap Labeled Gene Expression Microarrays |
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| LIAO Zhijun,MA Wenli,LIANG Shuang,LIU Hua,ZHANG Haiyan,CHEN Shuzhen,ZHENG Wenling.Data Mining of Dye-Swap Labeled Gene Expression Microarrays[J].Journal of Fujian Medical University,2008,42(3):236-239. | |
| Authors: | LIAO Zhijun MA Wenli LIANG Shuang LIU Hua ZHANG Haiyan CHEN Shuzhen ZHENG Wenling |
| Abstract: | |
| Keywords: | |
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