| 党参转录组中SSR位点信息分析 |
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| 引用本文： | 王东,曹玲亚,高建平. 党参转录组中SSR位点信息分析[J]. 中草药, 2014, 45(16): 2390-2394 |
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| 作者姓名： | 王东 曹玲亚 高建平 |
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| 作者单位： | 山西医科大学药学院, 山西 太原 030001;山西医科大学药学院, 山西 太原 030001;山西医科大学药学院, 山西 太原 030001 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目（81072987）；国家“十二五”科技支撑计划（2011BAI07B07） |
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| 摘 要： | 目的采用生物信息学方法分析党参转录组文库EST序列简单重复序列(SSR)位点,快速、大规模鉴定党参功能性SSR。方法使用MicroSAtellite(MISA)软件分析党参高通量转录组SSR的分布频率和重复基元的类型特征,利用软件Primer3设计引物,并通过SSRFinder校验SSR,筛选SSR引物。结果从45 511条Unigenes中共搜到7 327个SSR位点,分布在6 017条Unigenes序列中,发生频率为12.22%,共有415种重复基元,平均每4 520 bp含1个SSR位点,二核苷酸重复占主要地位,发生频率为58.67%,在所有重复基元中,AG/CT出现频率最高。共获得4 329条SSR引物。结论大规模的SSR分子标记开发将有助于党参遗传多样性与分子育种研究。
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| 关 键 词： | 党参 转录组 SSR MicroSAtellite软件 引物 |
| 收稿时间： | 2014-03-24 |
Data mining of simple sequence repeats in Codonopsis pilosula transcriptome |
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| WANG Dong,CAO Ling-ya and GAO Jian-ping. Data mining of simple sequence repeats in Codonopsis pilosula transcriptome[J]. Chinese Traditional and Herbal Drugs, 2014, 45(16): 2390-2394 |
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| Authors: | WANG Dong CAO Ling-ya GAO Jian-ping |
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| Affiliation: | College of Pharmacy, Shanxi Medical University, Taiyuan 030001, China;College of Pharmacy, Shanxi Medical University, Taiyuan 030001, China;College of Pharmacy, Shanxi Medical University, Taiyuan 030001, China |
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