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Sparse linear modeling of next-generation mRNA sequencing (RNA-Seq) data for isoform discovery and abundance estimation
Authors:Li Jingyi Jessica  Jiang Ci-Ren  Brown James B  Huang Haiyan  Bickel Peter J
Affiliation:Department of Statistics, University of California, Berkeley, CA 94720, USA.
Abstract:
Keywords:mRNA isoform discovery   single-end vs. paired-end sequencing   fragment length distribution   GC contents   penalized estimation
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