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基于生物信息学方法对颅内动脉瘤破裂铁死亡相关特征基因的综合分析
作者姓名:李晓健  彭铮  庞骢  庄宗  李伟  杭春华
作者单位:南京大学医学院附属鼓楼医院神经外科
基金项目:国家自然科学基金(81971122、81971127);;江苏省基础研究计划(BK20201113);
摘    要:目的 通过生物信息学方法综合分析颅内动脉瘤(IA)破裂特征基因,构建IA破裂风险的基因预测模型及药物调控靶点预测。方法 自美国国家生物信息中心基因表达综合(GEO)数据库中下载GSE13353和GSE122897数据集,分别用于筛选IA破裂的特征基因和验证。对IA破裂铁死亡相关的差异基因进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;通过LASSO回归和机器学习-支持向量机递归特征消除算法筛选出IA破裂的特征基因;通过受试者工作特征(ROC)曲线,并计算曲线下面积(AUC),评估特征基因模型对IA破裂预测的准确性;基因集富集分析(GSEA)量化特征基因和相关通路活性;对IA组织中免疫细胞的浸润情况以及与特征基因相关性进行分析;使用药物基因相互作用数据库(DGIDB)和Cytoscape软件构建IA破裂特征基因的药物调控网络。结果 自GEO数据库中下载了GSE13353数据集,其中未破裂IA患者8例,破裂IA患者11例。从FerrDb数据库下载铁死亡相关基因731个,去除非人类种属335个,最终获得铁死亡相关基因396个,对其进行差异分析后得到90个差异基因(...

关 键 词:颅内动脉瘤  破裂  铁死亡  生物信息学
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