| 基于癌症基因组图谱数据分析筛选结肠癌预后相关长链非编码RNA |
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| 引用本文： | 闫军浩1,郭魁元1,吴万庆1,罗昭峰1,杨战锋1,王冬阳2,王 争2. 基于癌症基因组图谱数据分析筛选结肠癌预后相关长链非编码RNA[J]. 现代肿瘤医学, 2020, 0(17): 3004-3008. DOI: 10.3969/j.issn.1672-4992.2020.17.019 |
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| 作者姓名： | 闫军浩1 郭魁元1 吴万庆1 罗昭峰1 杨战锋1 王冬阳2 王 争2 |
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| 作者单位： | 1.郑州大学第五附属医院胃肠甲状腺外科，河南 郑州 450052；2.上海交通大学附属仁济医院胃肠外科，上海 200001 |
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| 基金项目： | 上海市科学技术委员会科研计划项目（编号:19140903002） |
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| 摘 要： | 目的:通过分析癌症基因组图谱（TCGA）数据库中有关结肠癌的转录组测序数据，筛选结肠癌预后相关长链非编码RNA（lncRNA），寻找新的lncRNA结肠癌分子标志物。方法:下载TCGA数据库中结肠癌转录组测序数据及结肠癌患者临床资料，利用R语言进行数据整理。采用edgeR包筛选差异表达lncRNA，采用单因素Cox回归模型对差异表达lncRNA进行生存分析。提取与这些lncRNA共表达的编码基因，行京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析。结果:差异表达分析共筛选出227个在肿瘤各TNM分期中均异常表达的lncRNA，其中表达上调169个，表达下调58个。生存分析鉴定出15个差异表达lncRNA与预后显著相关（P<0.05），其中2个为保护因素，13个为危险因素。KEGG分析发现，这些预后相关lncRNA 的共表达基因主要富集在核糖体生物合成、mRNA监视通路等。结论:通过挖掘TCGA结肠癌数据集，发现了一些具有预后意义的异常表达lncRNA，为后续深入研究其功能奠定了基础，这些lncRNA有望成为新的结肠癌诊断或治疗分子标志物。
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| 关 键 词： | 结肠癌 长链非编码RNA 生存 预后 |
Analysis and screening of long non-coding RNAs associated with colon cancer prognosis utilizing TCGA data |
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| Yan Junhao1,Guo Kuiyuan1,Wu Wanqing1,Luo Zhaofeng1,Yang Zhanfeng1,Wang Dongyang2,Wang Zheng2. Analysis and screening of long non-coding RNAs associated with colon cancer prognosis utilizing TCGA data[J]. Journal of Modern Oncology, 2020, 0(17): 3004-3008. DOI: 10.3969/j.issn.1672-4992.2020.17.019 |
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| Authors: | Yan Junhao1 Guo Kuiyuan1 Wu Wanqing1 Luo Zhaofeng1 Yang Zhanfeng1 Wang Dongyang2 Wang Zheng2 |
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| Affiliation: | 1.Department of Gastrointestinal and Thyroid Surgery，the Fifth Affiliated Hospital of Zhengzhou University，Henan Zhengzhou 450052，China；2.Department of Gastrointestinal Surgery，Renji Hospital，Shanghai Jiaotong University School of Medicine，Shanghai 200001，China. |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | colon cancer lncRNA survival prognosis |
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