创伤愈合及压力治疗过程中瘢痕动物模型转录组水平的变化研究

目的利用RNA测序技术(RNA-seq)研究创伤愈合及压力治疗过程中巴马小型猪瘢痕动物模型转录组水平的变化。方法通过背部取皮建立巴马小型猪瘢痕模型,取皮第60 d开始加压(3.4 kPa)治疗,在取皮第0、14、30、60和90 d分别提取瘢痕组织总RNA进行测序。将所得序列映射到猪参考基因组并进行转录组重建,寻找差异表达基因(DEGs),利用生物信息学方法进一步对所得DEGs进行GO分析和KEGG通路富集性分析,同时挑选部分基因用qRT-PCR进行验证。结果测序数据经过预处理,各组均有78%以上的读段能准确比对到参考序列。DEGs鉴定结果表明,压力治疗前后有568个基因差异表达,其中上调289个,下调279个。GO富集分析发现,各组DEGs主要与细胞外基质、组织发展和皮肤发展相关。KEGG富集分析表明,创伤愈合过程中各组DEGs主要富集于细胞外基质-受体相互作用、黏着斑和凋亡通路;压力治疗前后的DEGs除了富集于以上通路,还富集于MAPK和PI3K信号通路。qRT-PCR检测表明,6个DEGs的表达模式与RNA-Seq分析结果一致,证实RNA-seq结果的可靠性。结论 RNA-seq分析鉴定出创伤愈合及压力治疗过程中瘢痕动物模型的差异表达基因,为临床瘢痕的治疗研究提供实验依据。