hsa-miR-30b靶基因预测及其相关生物信息学分析

目的通过生物信息学分析预测hsa-mi R-30b靶基因和功能,为深入研究hsa-mi R-30b的生物学功能和调控机制提供理论指导。方法利用Pub Med检索mi R-30b相关文章,通过mi RBase在线工具分析mi R-30b序列和基因组特征。应用mi RWalk综合数据库对hsa-mi R-30b靶基因进行预测,对靶基因集合应用Cytoscape及其插件Bingo进行功能富集分析,应用DAVID数据库进行靶基因信号转导通路富集分析。mi RBase、Pub Med、mi RWalk数据库通过输入hsa-mi R-30b或mi R-30b名称进行检索,Cytoscape及其插件Bingo和DAVID数据库则输入hsa-mi R-30b靶基因进行分析。结果 mi R-30b序列在多物种间具有一定的保守性。mi RWalk综合数据库预测靶基因交集共125个。hsa-mi R-30b靶基因主要富集于生长发育、细胞迁移、细胞周期、胰腺细胞分化、转录调控、神经系统发育等(P0.01);KEGG生物通路主要富集于Notch信号通路及年轻起病成人型糖尿病、致心律失常性右心室心肌病、小细胞肺癌和前列腺癌疾病通路(P0.05)。结论 hsa-mi R-30b预测的靶基因集合富集于多个生物学过程及疾病通路,与肺癌、前列腺癌等多种肿瘤密切相关,为hsa-mi R-30b在肿瘤方向的后续研究奠定基础。