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| 基于网络成分分析的阿尔茨海默症靶基因动态表达研究 | |
| 引用本文： | 孔薇崔地博牟晓阳.基于网络成分分析的阿尔茨海默症靶基因动态表达研究[J].中国生物医学工程学报,2013,32(4):418-425. |
| 作者姓名： | 孔薇崔地博牟晓阳 |
| 作者单位： | 1 上海海事大学信息工程学院，上海 201306 2 罗文大学生物化学系，新泽西 08028，美国 |
| 基金项目： | 国家自然科学基金( 61271446)；上海市科委青年科技启明星计划(A类) ( 11QA1402900)；上海市教委科研创新项目(11YZ141) |
| 摘 要： | 解析转录因子与靶基因之间相互调节的关系并构建转录调控网络，对研究阿尔茨海默症(AD)的致病机理、早期诊断及制药等具有重要意义。网络成分分析( NCA)是一种能够动态预测转录因子活性并表现其影响关系的方法。本研究利用转录因子对靶基因的调控作用，及基因在AD不同病程中表达的先验知识和生物数据，通过预处理AD基因表达数据，选择出10 个转录因子和85 个靶基因进行网络成分分析，并利用162 条调控关系构建AD基因调控网络，形成和展示了转录因子对靶基因的动态调控关系和作用。通过动态预测转录因子活性及构建网络图，发现转录因子在AD疾病的不同程度的活性有明显变化趋势，其调控的靶基因变化符合AD的病理特征。如靶基因NONO在转录因子ANAPC5的调控下，表达值由3 126 上升至4 508，而靶基因YWHAZ表达值由6 000 下降到接近于0。该研究为AD致病机理探寻、早期诊断和相应的分子生物学实验，提供了新的思路和依据。 |
| 关 键 词： | 阿尔茨海默症 网络成分分析 转录因子 动态网络结构 |
Using Network Component Analysis to Dissect Dynamic Expression of Gene and Network Structure in Alzheimer's Disease |
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| KONG WeiCUI Di BoMOU Xiao Yang.Using Network Component Analysis to Dissect Dynamic Expression of Gene and Network Structure in Alzheimer's Disease[J].Chinese Journal of Biomedical Engineering,2013,32(4):418-425. | |
| Authors: | KONG WeiCUI Di BoMOU Xiao Yang |
| Institution: | 1 Information Engineering College, Shanghai Maritime University, Shanghai 201306, China 2 Department of Chemistry and Biochemistry, Rowan University, NJ 08028, USA |
| Abstract: | |
| Keywords: | Alzheimer’s disease nonnegative matrix factorization microarray gene expression data |
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