基于转录组测序的白鼠尾草2-ODD基因家族鉴定与表达分析

酮戊二酸(2OG)/Fe(Ⅱ)依赖双加氧酶(2-ODD)在植物初生和次生代谢过程中发挥着重要作用。本研究基于高通量测序技术平台Illumina NovaSeq 6000进行了白鼠尾草(Salvia apiana Jepson)转录组测序,对测序结果进行de novo拼接后,共获得38 534个独立基因(unigenes)。将获得的独立基因进行基因功能注释,有29 982个独立基因获得功能注释。通过生物信息学方法在白鼠尾草转录组数据中进行2-ODD基因家族鉴定,并对鉴定得到的基因序列进行序列特征分析,包括序列的同源性、理化特征、信号肽、跨膜结构域、亚细胞定位、二级结构和三级结构预测等,另对它们的进化关系及表达模式进行分析。结果显示,从白鼠尾草转录组中共鉴定得到39个具有完整序列结构的2-ODD家族基因,这些基因编码蛋白质的平均长度为320个氨基酸,分子质量约为36.00 kDa,多为亲水性蛋白。系统进化分析将白鼠尾草2-ODD基因分为多个亚家族,这些基因在白鼠尾草不同部位均有表达,多数基因在根中的表达量明显高于叶中的表达量。本研究可为白鼠尾草2-ODD基因的深入研究奠定基础。