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滇皖产区铁皮石斛居群SSR分子身份证的构建
引用本文:董晓曼,袁媛,查良平,彭代银,俞年军,王继永,赵玉洋,蒋超,黄璐琦. 滇皖产区铁皮石斛居群SSR分子身份证的构建[J]. 中国现代中药, 2017, 19(5): 617-624
作者姓名:董晓曼  袁媛  查良平  彭代银  俞年军  王继永  赵玉洋  蒋超  黄璐琦
作者单位:道地药材国家重点实验室培育基地,中国中医科学院 中药资源中心,北京100700,道地药材国家重点实验室培育基地,中国中医科学院 中药资源中心,北京100700,安徽中医药大学 药学院,安徽合肥230012,安徽中医药大学 药学院,安徽合肥230012,安徽中医药大学 药学院,安徽合肥230012,中国中药公司,北京100195,道地药材国家重点实验室培育基地,中国中医科学院 中药资源中心,北京100700,道地药材国家重点实验室培育基地,中国中医科学院 中药资源中心,北京100700,道地药材国家重点实验室培育基地,中国中医科学院 中药资源中心,北京100700
基金项目:中医药行业科研专项(201407003);国家杰出青年科学基金项目(81325023)
摘    要:目的:建立滇皖产区铁皮石斛SSR指纹图谱,并构建不同居群的SSR分子身份证。方法:使用生物信息学方法分析铁皮石斛(Dendrobium officinale)全基因组SSR(Simple sequence repeat)序列,获得SSR位点,使用Primer Premier 5.0软件设计引物并进行PCR扩增,选择高多态性引物进行遗传多样性分析并建立SSR指纹图谱代码,使用二维码生成器表述铁皮石斛居群的分子身份证。结果:共获得91 653个SSR位点,平均分布距离为15.44 kb。据此开发了75对SSR引物,筛选出32对多态性丰富、带型清晰的引物,对11个滇、皖产区的铁皮石斛居群进行遗传多样性分析,共得到117个多态信息位点,平均每个SSR引物多态信息含量(PIC)为0.62,变化范围为0.22~0.80;铁皮石斛不同居群进行亲缘关系聚类表明11个铁皮石斛居群可分为三支,与种质来源分布相一致。筛选出4对多态性高、带型清晰易于统计的引物组合,建立不同居群铁皮石斛的SSR指纹图谱库和不同居群的分子身份证。结论:SSR分子身份证可为今后铁皮石斛的品种鉴别提供准确、可靠的方法和溯源信息平台。

关 键 词:铁皮石斛;基因组SSR;分子身份证
收稿时间:2017-03-22

Molecular ID for Populations of Dendrobium officinale of Yunnan and Anhui Province Based on SSR Marker
DONG Xiaoman,YUAN Yuan,ZHA Liangping,PENG Daiyin,YU Nianjun,WANG Jiyong,ZHAO Yuyang,JIANG Chao and HUANG Luqi. Molecular ID for Populations of Dendrobium officinale of Yunnan and Anhui Province Based on SSR Marker[J]. Modern Chinese Medicine, 2017, 19(5): 617-624
Authors:DONG Xiaoman  YUAN Yuan  ZHA Liangping  PENG Daiyin  YU Nianjun  WANG Jiyong  ZHAO Yuyang  JIANG Chao  HUANG Luqi
Abstract:
Keywords:
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