| 基于高通量测序技术的黄三七根茎转录组数据分析 |
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| 引用本文： | 李依民,彭亮,杨冰月,张明英,任瀛,程虎印,吴海峰,张岗. 基于高通量测序技术的黄三七根茎转录组数据分析[J]. 中草药, 2018, 49(21): 4983-4990 |
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| 作者姓名： | 李依民 彭亮 杨冰月 张明英 任瀛 程虎印 吴海峰 张岗 |
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| 作者单位： | 陕西中医药大学药学院 陕西省中药基础与新药研究重点实验室, 陕西西安 712046,陕西中医药大学药学院 陕西省中药基础与新药研究重点实验室, 陕西西安 712046,陕西中医药大学药学院 陕西省中药基础与新药研究重点实验室, 陕西西安 712046,陕西中医药大学药学院 陕西省中药基础与新药研究重点实验室, 陕西西安 712046,陕西中医药大学药学院 陕西省中药基础与新药研究重点实验室, 陕西西安 712046,陕西中医药大学药学院 陕西省中药基础与新药研究重点实验室, 陕西西安 712046,中国医学科学院北京协和医学院 药用植物研究所, 北京 100193,陕西中医药大学药学院 陕西省中药基础与新药研究重点实验室, 陕西西安 712046;中国医学科学院北京协和医学院 药用植物研究所, 北京 100193 |
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| 基金项目： | 陕西省自然科学基金项目（2017JM8030）；陕西省教育厅专项（18JK0216）；陕西中医药大学新进博士科研启动经费（104080001）；陕西省高校首批青年杰出人才支持计划项目；中国医学科学院医学与健康科技创新重大协同创新项目（2017-I2M-1-013）；咸阳市中青年科技领军人才项目；国家留学基金委浙江省药学重中之重开放课题（YKFJ3-012） |
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| 摘 要： | 目的获得黄三七Soulieavaginata根茎转录组信息特征。方法以黄三七根茎为对象,采用二代高通量测序平台IlluminaHi SeqTM2000150PE进行转录组测序并进行系统的生物信息学分析。结果转录组测序分析共获得63 322 086条高质量序列(clean reads),Trinity de novo组装获得52 575个unigenes,平均长度909 nt。BLAST分析显示分别有28 842(54.86%)、10 712(20.37%)、9 245(17.58%)、11 559(21.99%)条unigenes在NR、Swiss-port、KOG、KEGG数据库得到注释信息,可归为GO分类的生物过程、细胞组分和分子功能3大类45分支,涉及126个KEGG标准代谢通路,其中包括17个次生代谢标准通路。蛋白编码框序列2 215个,包含高等植物转录因子55个家族;借助MISA软件发现4 609个SSRs,三碱基重复SSRs数量最丰富,有2106个,出现频率为45.7%,五碱基重复SSRs相对较少,占2.9%。结论利用高通量测序技术和生物信息分析获得黄三七根茎转录组信息特征,为后期黄三七功能基因鉴定、次生代谢途径解析及其调控机制研究奠定基础。
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| 关 键 词： | 黄三七 转录组 功能基因 代谢通路 简单重复序列 |
| 收稿时间： | 2018-03-15 |
Transcriptomic data analyses of rhizome of Souliea vaginata via Illumina high-throughput sequencing technology |
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| LI Yi-min,PENG Liang,YANG Bing-yue,ZHANG Ming-ying,REN Ying,CHENG Hu-yin,WU Hai-feng and ZHANG Gang. Transcriptomic data analyses of rhizome of Souliea vaginata via Illumina high-throughput sequencing technology[J]. Chinese Traditional and Herbal Drugs, 2018, 49(21): 4983-4990 |
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| Authors: | LI Yi-min PENG Liang YANG Bing-yue ZHANG Ming-ying REN Ying CHENG Hu-yin WU Hai-feng ZHANG Gang |
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| Affiliation: | Shaanxi Provincial Key Laboratory for Chinese Medicine Basis & New Drugs Research, College of Pharmacy, Shaanxi University of Chinese Medicine, Xi''an 712046, China,Shaanxi Provincial Key Laboratory for Chinese Medicine Basis & New Drugs Research, College of Pharmacy, Shaanxi University of Chinese Medicine, Xi''an 712046, China,Shaanxi Provincial Key Laboratory for Chinese Medicine Basis & New Drugs Research, College of Pharmacy, Shaanxi University of Chinese Medicine, Xi''an 712046, China,Shaanxi Provincial Key Laboratory for Chinese Medicine Basis & New Drugs Research, College of Pharmacy, Shaanxi University of Chinese Medicine, Xi''an 712046, China,Shaanxi Provincial Key Laboratory for Chinese Medicine Basis & New Drugs Research, College of Pharmacy, Shaanxi University of Chinese Medicine, Xi''an 712046, China,Shaanxi Provincial Key Laboratory for Chinese Medicine Basis & New Drugs Research, College of Pharmacy, Shaanxi University of Chinese Medicine, Xi''an 712046, China,Institute of Medicinal Plant Development, Chinese Academy of Medical Sciences & Peking Union Medical College, Beijing 100193, China and Shaanxi Provincial Key Laboratory for Chinese Medicine Basis & New Drugs Research, College of Pharmacy, Shaanxi University of Chinese Medicine, Xi''an 712046, China;Institute of Medicinal Plant Development, Chinese Academy of Medical Sciences & Peking Union Medical College, Beijing 100193, China |
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