基因芯片筛选非综合征型唇腭裂差异表达基因的初步研究

目的：利用全基因组表达谱芯片技术，分析非综合征型唇腭裂（nonsyndromic cleft lip with or without palate，NSCL/P）患儿与正常儿童基因表达的差异，筛选出非综合征型唇腭相关基因。方法：采用离心柱法分别提取正常儿童和NSCL/P患儿腭部组织各3例的总RNA，经纯化后逆转录为cDNA，利用荧光染料（Cy3）标记aaUTP，转录合成标记的cRNA，经纯化及质检后与Agilent 4 × 44 k人类全基因组表达谱芯片杂交，扫描荧光信号图像，对芯片原始数据进行归一化处理，利用倍数差异和t检验筛选差异表达基因，采用上海博豪生物在线分析系统进行基因的功能注释和关联分析，明确差异基因的生物学功能，选取特定的差异表达基因，应用实时荧光PCR技术验证芯片结果的可靠性。结果：筛选出差异基因共254个，其中表达上调的有151个，表达下调的有103个。选取5条差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证，ADH1C（t=5.132，P=0.000）、RDH10（t=2.960，P=0.039）、HIST1H2BD（t=4.446，P=0.001）3条基因表达下调，KAT2B（t=-4.945，P=0.000）、FOSB（t=-3.666，P=0.005）2条基因表达上调，差异有统计学意义，且与芯片结果表达趋势一致。结论：NSCL/P患儿基因表达与正常儿童存在明显差异，分析这些差异基因，有助于阐明NSCL/P的发病机制，为疾病的预防提供理论依据。