| 广西地不容SSR标记开发及遗传多样性研究 |
| |
| 引用本文： | 上官琰,赵渤暘,谢晖,汪亚勤,康云,黄建明. 广西地不容SSR标记开发及遗传多样性研究[J]. 中草药, 2018, 49(24): 5910-5915 |
| |
| 作者姓名： | 上官琰 赵渤暘 谢晖 汪亚勤 康云 黄建明 |
| |
| 作者单位： | 复旦大学药学院, 上海 201203,华盛顿大学, 美国 西雅图 98105,复旦大学药学院, 上海 201203,复旦大学药学院, 上海 201203,复旦大学药学院, 上海 201203,复旦大学药学院, 上海 201203 |
| |
| 基金项目： | 国家自然科学基金项目（31100238） |
| |
| 摘 要： | 目的基于广西地不容转录组序列开发SSR引物,并用于该物种自然居群遗传多样性的研究。方法从广西地不容转录组测序获得的unigene序列中挖掘SSR位点,采用Oligo 7.0软件设计引物,通过电泳法筛选得到多态性高的SSR引物用于遗传多样性研究。结果从广西地不容转录组20 637条unigene序列中,搜索到6 833个SSR位点,出现频率为33.11%。基于转录组序列设计50对引物,筛选得到10对多态性高的引物。10对引物在5个居群63个样本中共扩增得到83个条带,有效条带百分率为100%,多态性信息量(PIC)为0.6889。在物种水平和居群水平上,Nei基因多样性指数(H)分别为0.725 2和0.613 4,Shannon多样性指数(I)分别为1.576 6和1.220 3,观察杂合度(Ho)分别为0.584 5和0.558 4,期望杂合度(He)分别为0.731 2和0.643 5。居群的遗传分化系数(Fst)为0.146 5,基因流(Nm)为1.456 9。UPGMA聚类分析表明,5个居群可分为3支系。结论开发的SSR标记适用于广西地不容的遗传多样性分析。广西地不容在物种和居群水平上均具较高的遗传多样性,遗传分化主要存在于居群内部。
|
| 关 键 词： | 广西地不容 转录组 SSR 遗传多样性 多态性 |
| 收稿时间： | 2018-05-02 |
SSR marker development and genetic diversity analysis of Stephania kwangsiensis |
| |
| SHANGGUAN Yan,ZHAO Bo-yang,XIE Hui,WANG Ya-qin,KANG Yun and HUANG Jian-ming. SSR marker development and genetic diversity analysis of Stephania kwangsiensis[J]. Chinese Traditional and Herbal Drugs, 2018, 49(24): 5910-5915 |
| |
| Authors: | SHANGGUAN Yan ZHAO Bo-yang XIE Hui WANG Ya-qin KANG Yun HUANG Jian-ming |
| |
| Affiliation: | School of Pharmacy, Fudan University, Shanghai 201203, China,University of Washington, Seattle, Washington 98105, United States,School of Pharmacy, Fudan University, Shanghai 201203, China,School of Pharmacy, Fudan University, Shanghai 201203, China,School of Pharmacy, Fudan University, Shanghai 201203, China and School of Pharmacy, Fudan University, Shanghai 201203, China |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | |
| 本文献已被 CNKI 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《中草药》浏览原始摘要信息 |
|
点击此处可从《中草药》下载全文 |
|
