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| 乳腺癌转移相关microRNA-200c调控的基因网络分析 | |
| 引用本文： | 王晟,肖影群,刘卓琦,杨晓红,熊小亮,朱伟锋,石慧东,罗达亚. 乳腺癌转移相关microRNA-200c调控的基因网络分析[J]. 肿瘤, 2013, 33(2): 111-118 |
| 作者姓名： | 王晟 肖影群 刘卓琦 杨晓红 熊小亮 朱伟锋 石慧东 罗达亚 |
| 作者单位： | 1. 南昌大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室,江西南昌,330006 2. 南昌大学附属感染医院病理科,江西南昌,330002 3. 南昌大学基础医学院病理教研室,江西南昌,330006 4. 美国佐治亚医科大学生物化学与分子生物学系,美国奥古斯塔30912 |
| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目(编号:30860319;81160248);江西省教育厅科技计划资助项目(编号:GJJ08051) |
| 摘 要： | 目的:结合生物信息学分析手段,筛选乳腺癌转移相关微RNA (microRNA,miRNA)-200c调控的基因网络.方法:采用Affymetrix(R) miRNA生物芯片分析12株乳腺细胞中差异表达的miRNA;应用脂质体转染法将miR-200c模拟物(mimic)转入4株高转移性的乳腺癌细胞株(BT549、HS578T、MDA-MB-231和SUM159PT)中,再用Affymetrix(R) mRNA生物芯片检测转染miR-200c mimic后高转移性乳腺癌细胞株中差异表达的基因.采用生物分子功能注释系统(CapitalBio Molecule Annotation System,MAS),筛选miR-200c调控的信号通路与基因网络.结果:12个乳腺细胞株中筛选出9个差异表达的miRNA (P＜0.01,倍数值≥20或≤-20),其中以miR-200c在高转移性乳腺癌细胞株中下调幅度最显著.4个转染miR-200c mimic的乳腺癌细胞株中共有33个共上调基因及13个共下调基因.实时荧光定量-PCR与蛋白质印迹法验证结果显示,共调基因锌指E框结合同源框1(zinc finger E-box binding homeobox1,ZEB1)mRNA和蛋白在4个转染细胞株中均下调.MAS生物信息学分析结果显示,转染miR-200c mimic的乳腺癌细胞株中共有的差异表达基因相关信号通路包括嗅觉传导(olfactory transduction)通路、细胞因子-细胞因子受体关联(cytokine-cytokine receptor interaction)通路和细胞黏附分子(cell adhesion molecules,CAMs)通路等,不同的信号通路可以通过共调基因相互联系,在特定的信号通路中,共调基因间也存在密切的相互联系.结论:以高通量生物芯片检测为基础,运用生物信息学分析手段,多元化筛选获得miR-200c 调控的基因网络,为后续展开miR-200c作用机制的研究提供了明确的方向. |
| 关 键 词： | 乳腺肿瘤 微RNA 肿瘤转移 系统生物学 |
Network-guided genetic screening for metastasis-related microRNA-200c in breast cancer |
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| WANG Sheng,XIAO Ying-qun,LIU Zhuo-qi,YANG Xiao-hong,XIONG Xiao-liang,ZHU Wei-feng,SHI Hui-dong,LUO Da-ya. Network-guided genetic screening for metastasis-related microRNA-200c in breast cancer[J]. Tumor, 2013, 33(2): 111-118 | |
| Authors: | WANG Sheng XIAO Ying-qun LIU Zhuo-qi YANG Xiao-hong XIONG Xiao-liang ZHU Wei-feng SHI Hui-dong LUO Da-ya |
| Affiliation: | 1. Department of Biochemistry and Molecular Biology, School of Basic Medicine, Nanchang University, Nanchang 330006, Jiangxi Province, China; 2. Department of Pathology, Affiliated Infectious Disease Hospital, Nanchang University, Nanchang 330002, Jiangxi Province, China; 3. Department of Pathology, School of Basic Medicine, Nanchang University, Nanchang 330006, Jiangxi Province, China; 4. Department of Biochemistry and Molecular Biology, Georgia Health Sciences University, Augusta, Georgia 30912, USA |
| Abstract: | |
| Keywords: | |
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