| 采用MS-Fit进行肽质量指纹谱鉴定蛋白质时主要参数的优化 |
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| 引用本文： | 彭咏波,母昭德,马永平,夏永鹏,邱宗荫. 采用MS-Fit进行肽质量指纹谱鉴定蛋白质时主要参数的优化[J]. 重庆医科大学学报, 2008, 33(7) |
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| 作者姓名： | 彭咏波 母昭德 马永平 夏永鹏 邱宗荫 |
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| 作者单位： | 重庆医科大学药学院药物分析教研室,重庆,400016;重庆医科大学生物化学与分子生物学教研室,重庆,400016;重庆医科大学药学院药物分析教研室,重庆,400016;重庆市食品药品监督管理局,重庆,400014 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金，高等学校博士学科点专项科研项目 |
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| 摘 要： | 目的:为了优化肽质量指纹谱(Peptide mass fingerprinting,PMF)鉴定蛋白质时采用MS-Fit引擎搜索的分析参数.方法:将2-DE分离后的Carbonic anhydrase-2和BSA进行胶内充分酶解,肽段经过MALDI-TOF-MS分析得到PMF数据.选择Swissprot数据库,以Carbonic anhydrase2为模型优化搜索参数.结果:主要搜索参数的最佳设置为:半胱氨酸修饰为Carbamidomethylation,肽质量容错模型为百分数,在研究中0.1%容错数为最好.结论:本文通过标准蛋白对搜索主要参数的优化,建立了方便、可靠的MS-Fit搜索参数模式.
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| 关 键 词： | MALDI-TOF-MS PMF搜索 蛋白质 MS-Fit |
Optimization of the major parameters of MS-Fit in peptide mass fingerprint identify proteins |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | MALDI-TOF-MS MS-Fit |
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