| 基于转录组测序的越南安息香根、茎和叶基因表达分析 |
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| 引用本文： | 王小敏,许婳婳,詹若挺,马新业. 基于转录组测序的越南安息香根、茎和叶基因表达分析[J]. 中草药, 2021, 52(8): 2392-2399 |
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| 作者姓名： | 王小敏 许婳婳 詹若挺 马新业 |
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| 作者单位： | 广州中医药大学 中药资源科学与工程研究中心, 岭南中药资源教育部重点实验室, 国家中成药工程技术研究中心南药研发实验室, 广东 广州 510006;广州中医药大学中药学院, 广东 广州 510006 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金青年基金项目（81102764）；广东省教育厅重点提升平台建设项目—岭南中药资源教育部重点实验室（2014KTSPT016） |
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| 摘 要： | 目的对越南安息香Styrax tonkinensis进行转录组测序,获得其根、茎和叶的转录组信息特征。方法以越南安息香的根、茎和叶作为研究对象,使用Illumina HiSeq TM 2000进行越南安息香根、茎和叶的转录组测序分析。结果转录组测序根、茎和叶共获得53 835 045条高质量序列(clean reads),Trinity de novo组装获得69 151条Unigenes,平均长度778.51nt。BLAST分析表明分别有41 412(59.89%)、31 189(45.10%)、25 539(36.93%)、16 749(24.22%)个Unigenes在Nr、Swiss-port、KOG、KEGG数据库中得到注释,可归入GO分类的细胞组分、生物过程和分子功能3大类46分支,涉及129条KEGG标准代谢通路,其中有31个次生代谢标准通路。蛋白编码框序列3 461个,涉及高等植物转录因子54个家族。使用MISA软件挖掘10 974个简单重复序列(SSRs),二碱基重复SSRs数量最为丰富,有6282个(57.24%),五碱基重复SSRs最少,占2.45%。结论利用高通...
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| 关 键 词： | 越南安息香 转录组 功能基因 代谢通路 简单重复序列 |
| 收稿时间： | 2020-08-06 |
Transcriptiomic data analysis of roots, stems, and leaves of Styrax tonkinensis |
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| WANG Xiao-min,XU Hua-hu,ZHAN Ruo-ting,MA Xin-ye. Transcriptiomic data analysis of roots, stems, and leaves of Styrax tonkinensis[J]. Chinese Traditional and Herbal Drugs, 2021, 52(8): 2392-2399 |
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| Authors: | WANG Xiao-min XU Hua-hu ZHAN Ruo-ting MA Xin-ye |
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| Affiliation: | Key Laboratory of Chinese Medicinal Resource from Lingnan, Ministry of Education, Research Center of Chinese Herbal Resource Science and Engineering, South Medicine Research and Development Laboratory of National Engineering Research Center for Chinese Patent Medicine, Guangzhou University of Chinese Medicine, Guangzhou 510006, China;School of Chinese Materia Medica, Guangzhou University of Chinese Medicine, Guangzhou 510006, China |
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