昆明地区流感病毒血凝素的蛋白质结构分析

目的 对从昆明地区分离10株流感病毒的血凝素(HA)基因进行蛋白质结构分析,与WHO推荐株进行比较,分析其异同.方法 从流感病毒中提取RNA,进行RT-PCR扩增血凝素基因,对扩增产物测序进行蛋白质结构分析.结果 蛋白质结构分析表明A/Kunming/01/2008(H1N1),A/Kunming/07/2008(H1N1)测出的序列大部分位于HA1,包括一小部分HA2和WHO 2007-2008年推荐株EU 100724.1对比,主要是第226位点不同,分别被Arg和Gln取代；A/Kunming/02/2008(H3N2)、A/Kunming/04/ 2008(H3N2)和WHO2007-2008年推荐株CY034116.1相比,变异位点为154 Asp→Asn,188 Gln→His,218 Val→Gly,248 Asn→Asp,255 Ile→Val,均位于蛋白表面,但对蛋白的结构没有产生大的影响；B/Kunming/10/2008和B/Kunming/09/2008有3点突变,分别为221Ala-Ile、281 Arg-Gly、550 Asp-Ile,但未引起蛋白质表面形状和电荷的变化；另外4株(两株H1N1和两株B型)与推荐株基本一致.结论 两株A(H1N1)与推荐株EU 100724.1的抗原性基本一致,另外两株A(H1N1)与流行株代表株的同源性相对前两株要略低,HA基因已有位点发生突变；两株A(H3N2)与分离年代较近的全国流感病毒流行株代表株同源性较高,高氨基酸的突变只有一个,突变对蛋白的结构没有产生大的影响；4株B型毒株属于Victoria系和国外地区及近年国内流行株代表株同源性相对较低,存在地区差异和抗原性差异,有必要对毒株的变异加强监测.

Protein structure analysis of influenza virus hemagglutinin in Kunming