| 茜草转录组分析及其蒽醌类化合物合成相关基因的挖掘 |
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| 引用本文： | 彭亮,张岗,颜永刚,孙涛,王媚,李洁,罗露,曹福麟,胡本祥,杨冰月. 茜草转录组分析及其蒽醌类化合物合成相关基因的挖掘[J]. 中草药, 2018, 49(8): 1890-1896 |
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| 作者姓名： | 彭亮 张岗 颜永刚 孙涛 王媚 李洁 罗露 曹福麟 胡本祥 杨冰月 |
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| 作者单位： | 陕西中医药大学药学院 |
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| 基金项目： | 陕西省教育厅项目（16JK1212，15JK1210）；陕西省教育厅重点项目（11JS038）；陕西省中医管理局项目（ZYMS004） |
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| 摘 要： | 目的获得茜草Rubia cordifolia转录组学信息及挖掘其蒽醌类化合物生物合成的关键酶基因,为茜草的功能基因克隆与分析提供参考。方法采用Illunima Hiseq TM 2000 150PE高通量测序技术对茜草进行转录组测序,使用Trinity软件完成Unigene的de novo拼接,基于BLAST实现Unigene的分类、功能注释、代谢通路分析和蛋白功能注释等。结果最终获得7.3 Gb数据,通过de novo拼接注释得到Unigene 66 646条,平均长度为1 424 bp,所有Unigene能被NCBI nonredundant protein sequences(NR)、NCBI nucleotide sequences(NT)、kyoto encyclopedia of genes and genomes(KEGG)、A manually annotated and reviewed protein sequence database(Swissprot)、gene ontology(GO)、eu Karyotic ortholog groups(KOG)和protein family(Pfam)数据库所注释,注释成功率100%,找到与茜草蒽醌类化合物生物合成相关的基因64条。结论首次对茜草转录组进行了分析,并获得了茜草蒽醌类化合物生物合成相关的候选基因,为茜草的分子生物学研究提供了丰富的数据资源,也为后期开展茜草蒽醌类化合物次生代谢途径解析奠定了基础。
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| 关 键 词： | 茜草 转录组 高通量测序 蒽醌类化合物 次生代谢途径 |
| 收稿时间： | 2017-12-31 |
Analysis of transcriptomes and exploring of anthraquinones biosynthetic pathway genes in Rubia cordifolia L. |
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| PENG Liang,ZHANG Gang,YAN Yong-gang,SUN Tao,WANG Mei,LI Jie,LUO Lu,CAO Fu-lin,HU Ben-xiang and YANG Bing-yue. Analysis of transcriptomes and exploring of anthraquinones biosynthetic pathway genes in Rubia cordifolia L.[J]. Chinese Traditional and Herbal Drugs, 2018, 49(8): 1890-1896 |
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| Authors: | PENG Liang ZHANG Gang YAN Yong-gang SUN Tao WANG Mei LI Jie LUO Lu CAO Fu-lin HU Ben-xiang YANG Bing-yue |
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| Affiliation: | College of Pharmacy, Shaanxi University of Chinese Medicine, Xi''an 712046, China,College of Pharmacy, Shaanxi University of Chinese Medicine, Xi''an 712046, China,College of Pharmacy, Shaanxi University of Chinese Medicine, Xi''an 712046, China,College of Pharmacy, Shaanxi University of Chinese Medicine, Xi''an 712046, China,College of Pharmacy, Shaanxi University of Chinese Medicine, Xi''an 712046, China,College of Pharmacy, Shaanxi University of Chinese Medicine, Xi''an 712046, China,College of Pharmacy, Shaanxi University of Chinese Medicine, Xi''an 712046, China,College of Pharmacy, Shaanxi University of Chinese Medicine, Xi''an 712046, China,College of Pharmacy, Shaanxi University of Chinese Medicine, Xi''an 712046, China and College of Pharmacy, Shaanxi University of Chinese Medicine, Xi''an 712046, China |
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| Abstract: | |
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