| MHC-Ⅱ类抗原表位预测软件的对比评价 |
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| 引用本文： | 李胜涛,刘昌文,邹泽红,陶爱林. MHC-Ⅱ类抗原表位预测软件的对比评价[J]. 生物医学工程研究, 2010, 29(2) |
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| 作者姓名： | 李胜涛 刘昌文 邹泽红 陶爱林 |
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| 作者单位： | 广州医学院第二附属医院,广州,510260 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目，广东省自然科学基金重点项目，广州市属高校科研教学团队项目，广东省医学科研项目 |
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| 摘 要： | 比较不同MHC-Ⅱ类抗原表位预测软件的优缺点,为后续应用提供依据.在众多HLA-Ⅱ类抗原表位中,选取HLA-DR的6个表位(DRB1*0101, 0301, 0401, 0701, 1101和1501)为代表,选取MHCBN数据库中的309条已知抗原表位的肽链为待测肽链.使用近年来常用的7个表位预测软件,根据不同软件的临界值确定入选结果数据,比较各软件所得结果与已有的实验结果之间的差距以确定其优劣.综合7个软件预测结果进行评价,得出NetMHCⅡ和NetMHCⅡpan所得结果准确率最高.可以用NetMHCⅡpan及NetMHCⅡ进行MHC-Ⅱ类分子抗原表位预测.不同软件HLA的各个亚型的预测所得指标不一致,提示综合运用不同软件对多肽表位进行预测十分必要.
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| 关 键 词： | MHC-Ⅱ 表位预测 临界值 软件 比对 |
Comparative Assessment of Different Softwares for MHC-II Antigen Epitope Prediction |
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| LI Shengtao,LIU Changwen,ZOU Zehong,TAO Ailin. Comparative Assessment of Different Softwares for MHC-II Antigen Epitope Prediction[J]. Journal Of Blomedical Englneerlng Research, 2010, 29(2) |
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| Authors: | LI Shengtao LIU Changwen ZOU Zehong TAO Ailin |
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