应用基因芯片技术检测耐利福平结核分枝杆菌基因型

目的研制一种新型DNA芯片，用于快速检测结核分枝杆菌耐利福平rpoB基因突变。方法根据结核分枝杆菌rpoB基因序列设计探针并制作DNA芯片，用TAMRA标记的引物扩增结核分枝杆菌rpoB基因突变热点的片断，与DNA芯片杂交，同时以PCR-SSCP和DNA测序法为对照。结果240株结核分枝杆菌临床分离株中，55株全敏感株和66株耐其他药物的利福平敏感株的PCK—SSCP和DNA芯片杂交结果与结核分枝杆菌标准株完全相同；119株耐RFP临床分离株中DNA芯片杂交有117株检测到rpoB基因突变，其中111株单位点突变，78株为531住密码子TCG→TTG（Ser→Leu）、TCG→TGG（Ser→Trp）和TCG→TAC（Ser→Tyr）突变；24株为526位蓉码子CAC→TAC（His→Tyr）、CAC→GAC（His→Asp）、CAC→CCC（His→Pr0）、CAC→CTC（His→Leu）和CAC→CGC（His→A职）突变；4株为516住客码子GAC→GTC（Asp→Val）和GAC→GGC（Asp→Gly）突变；3株为533位密码子CTG→CCG（Leu→Pro）突变；1株为511位密码子CTG→CCG（Leu→Pro）突变；1株为513位密码子CAA→AAA（Gln→Lys）突变；6株为双位点突变，其中3株511和516位联合突变，2株533和515住联合突变，1株517位密码子CAG→CAC（Gln→His）和518位密码子AAC→GAC（Asn→Asp）联合突变。DNA测序结果与DNA芯片杂交结果完全一致。1株516位GAC—TAC（Asp→Tyr）突变的分离株及1株516位GAC—TAC（Ssp→Tyr）和518住AAC—CAC（Asn→His）联合突变的分离株DNA芯片检测阴性，是因为芯片上无相应的探针。结论用DNA芯片可快速、特异地检测出大多数结核分枝杆菌耐利福平分离株的rpoB基因突变。可用于临床耐药性的检测，指导临床用药。

Rapid detection of rpoB mutations in mycobacterium tuberculosis by DNA chip