基于生物信息数据探索CCNB1、CCNB2和CDK1在肺腺癌中的作用 |
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作者姓名: | 陆思芬 魏小珍 杨声英 杨浩 陈勃江 李为民 |
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作者单位: | 1. 四川大学华西医院精准医学中心精准医学四川省重点实验室;2. 四川大学华西医院麻醉科;3. 成都锦城学院计算机与软件学院大数据系;4. 四川大学华西医院移植免疫研究室;5. 四川大学华西医院呼吸与危重症医学科 |
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基金项目: | 国家自然科学基金(82173727);;成都市科技项目(2021-YF05-01480-SN); |
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摘 要: | 目的 利用生物信息数据探索细胞周期蛋白B1(cyclin B1, CCNB1)、细胞周期蛋白B2(cyclin B2,CCNB2)和细胞周期蛋白依赖性激酶1(cyclin dependent kinase 1, CDK1)在肺腺癌中的作用。方法 首先从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus, GEO)下载2个数据集的RNA高通量测序表达量数据,采用DESeq2软件鉴定差异表达基因,基于差异表达基因的结果进行后续分析:构建蛋白互作网络,选出其中最有意义的模块,这些模块中包括的基因即为核心基因;用来自其他数据库的RNA高通量测序数据验证核心基因的表达情况,验证其是否为差异表达基因;对经验证确定为差异表达基因的核心基因行生存曲线分析,筛选对肺腺癌生存期有显著影响的核心基因;分析这些核心基因在肺腺癌不同时期的表达情况。然后用KOBAS数据库对筛选出的核心基因行京都基因和基因组数据库通路富集分析,用muTarget工具将筛选出的核心基因表达量与肺腺癌基因突变状态进行关联,基于GDSC数据库的药物信息,探索这些核心基因在肺腺癌治疗中的潜在价值。最后通过人类蛋白质图谱数据...
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关 键 词: | 肺腺癌 差异表达基因 核心基因 预后标志物 治疗靶标 |
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