| 摘 要： | 目的应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法鉴定肾透明细胞癌(ccRCC)的关键基因及免疫通路, 并进行初步验证。方法在癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载ccRCC的RNA-seq表达数据和临床数据, 使用Wilcoxon检验和fold change方法筛选差异表达基因。基于Metascape对差异表达基因进行富集分析;使用R包survival功能进行生存分析;使用R包WGCNA功能进行WGCNA分析。取30例患者的肿瘤组织及正常肾组织, 实时荧光定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)检测筛选出基因的mRNA水平。应用R软件分析网络数据, 采用t检验、Spearman相关分析等方法进行统计分析。结果肿瘤和正常肾组织的差异基因筛选结果显示, 肿瘤组织中有2 943个基因表达增高, 2 669个基因表达降低。对这些基因进行生存分析, 得到882个与患者预后显著相关的基因。进一步对影响生存的基因进行WGCNA分析, 得到5个重要网络模块, 富集分析结果显示turquoise模块与免疫功能相关。其中的免疫相关基因细胞毒性T淋巴细胞相关抗原4(CTLA4)、CD276、细胞间黏附分子-1...
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