| 金黄地鼠颊癌差异表达基因谱的构建及相关生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 梅杰,杨凯,张国栋,张福军,陈丹,陈睿.金黄地鼠颊癌差异表达基因谱的构建及相关生物信息学分析[J].重庆医科大学学报,2010,35(12). |
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| 作者姓名： | 梅杰 杨凯 张国栋 张福军 陈丹 陈睿 |
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| 作者单位： | 1. 重庆医科大学附属口腔医院牙周黏膜科,重庆,400015
2. 重庆医科大学附属第一医院口腔颌面外科,重庆,400016 |
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| 摘 要： | 目的:构建二甲基苯并蒽(9,10-Dimethylen-1,2Benzanthracene,DMBA)诱导金黄地鼠颊囊黏膜癌变过程中基因差异表达谱,用相关生物信息学分析方法筛选在癌变过程中起重要作用的基因和信号通路.方法:用DMBA诱导建立金黄地鼠颊鳞癌模型,以Ratio≥2和Ratio≤0.5为阈值,用Agilent全基因表达谱芯片检测金黄地鼠颊囊黏膜癌变的差异表达基因,并对这些差异基因进行(Gene ontology,GO)功能分类和Pathway通路分析.结果:金黄地鼠正常颊黏膜和癌变组织之间共有1 943条差异表达基因,其中上调基因787条,下调基因1 156条;GO分析差异表达基因涉及结构分子相关基因群、转录调控相关基因群和代谢相关基因群等10类;Pathway分析在颊黏膜癌变中共有27条通路发生显著性异常改变,有136条差异基因在以上27条异常通路上发生富集,其中Ppp3r2、Actn1、Src等13条基因均分别富集在3条以上异常改变的通路上.结论:金黄地鼠颊癌的发生共有1 943条基因发生差异表达和27条通路发生异常改变,其中Ppp3r2、Actn1、Src等13条基因是导致细胞通路改变而最终发生癌变的重要致病基因,针对以上基因和通路的深入研究,将有助于揭示口腔黏膜癌变的分子机制,并为基因治疗提供新的靶点.
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| 关 键 词： | 金黄地鼠 颊黏膜 癌变 全基因表达谱 生物信息学 |
The establishment of golden hamster cheek mucosa carcinoma related gene differential expression profile and bioinformatics analysis |
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