一株缺失pMT1质粒鼠疫菌的全基因组序列分析

目的通过基因测序及生物信息学分析,确定O-1菌株基因组的一般特征及与参考菌株的差异,确定O-1菌株的pMT1质粒是否整合至染色体以及可能的整合机制。方法提取O-1鼠疫菌株的全基因组DNA,进行测序组装,获得全基因组序列及圈图;通过与参考菌株比较来描述基因组一般特征;通过序列比对(Blast/Mauve)确定整合位点,再通过引物设计和PCR扩增来验证整合位点。结果 O-1菌株基因组包括一个染色体,两个质粒(70.3Kb,9.6Kb);O-1菌株染色体基因数目与CO92菌株有差异,染色体的插入序列(尤其是IS100和IS1541)较CO92菌株多;O-1菌株质粒与CO92菌株很相似,但O-1菌株无独立存在的pMT1质粒。pMT1质粒序列位于O-1菌株染色体中,从1429315至1526240,序列长度为96926bp;且整合位点被PCR扩增证实;O-1菌株pMT1质粒序列含有5个IS序列;pMT1序列的插入位点处于O-1染色体的非编码区。结论 O-1菌株的pMT1质粒整合至染色体,而且是完整序列整合。O-1菌株染色体特征与CO92有差异,且插入序列较多。IS1541A介导的同源重组可能是pMT1质粒整合至染色体的原因。