| 基于转录组的新疆紫草ERF转录因子家族生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 谢腾,王升,黄蕾,王雪,康利平,郭兰萍. 基于转录组的新疆紫草ERF转录因子家族生物信息学分析[J]. 中国中药杂志, 2014, 39(24): 4732-4739 |
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| 作者姓名： | 谢腾 王升 黄蕾 王雪 康利平 郭兰萍 |
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| 作者单位： | 西南交通大学 生命科学与工程学院, 四川 成都 610031;中国中医科学院 中药资源中心 道地药材国家重点实验室培育基地, 北京 100700;中国中医科学院 中药资源中心 道地药材国家重点实验室培育基地, 北京 100700;中国中医科学院 中药资源中心 道地药材国家重点实验室培育基地, 北京 100700;中国中医科学院 中药资源中心 道地药材国家重点实验室培育基地, 北京 100700;中国中医科学院 中药资源中心 道地药材国家重点实验室培育基地, 北京 100700;中国中医科学院 中药资源中心 道地药材国家重点实验室培育基地, 北京 100700 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(81130070, 81072989);国家科技支撑计划项目(2012BAI29B02, 2012BAI28B002) |
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| 摘 要： | 从新疆紫草转录组分离出27个ERF转录因子家族基因, 平均大小为1 010 bp, 每个基因平均编码了212个氨基酸。以紫草ERF基因gi261363612为参考, 对27AeERFS从基因结构、表达量、理化性质、亚细胞定位、信号肽、高级结构和保守域的预测和分析等方面做了研究, 并对新疆紫草ERF家族做了系统进化分析, 认为最合适的建树方法为最大似然法。结果显示, 该家族存在3个保守域, 高级结构以无规则卷曲为主, 聚为CBF/DREB, ERF 2个亚族。
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| 关 键 词： | ERF 转录组 新疆紫草 生物信息学 |
| 收稿时间： | 2014-06-18 |
Transcriptome-based bioinformatics analysis of Arnebia euchroma ERF transcription factor family |
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| XIE Teng,WANG Sheng,HUANG Lei,WANG Xue,KANG Li-ping and GUO Lan-ping. Transcriptome-based bioinformatics analysis of Arnebia euchroma ERF transcription factor family[J]. China Journal of Chinese Materia Medica, 2014, 39(24): 4732-4739 |
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| Authors: | XIE Teng WANG Sheng HUANG Lei WANG Xue KANG Li-ping GUO Lan-ping |
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| Affiliation: | School of Life Science and Engineering, Southwest Jiaotong University, Chengdu 610031, China;State Key Laboratory of Dao-di Herbs, National Resource Center of Chinese Materia Medica, China Academy of Chinese Medical Sciences, Beijing 100700, China;State Key Laboratory of Dao-di Herbs, National Resource Center of Chinese Materia Medica, China Academy of Chinese Medical Sciences, Beijing 100700, China;State Key Laboratory of Dao-di Herbs, National Resource Center of Chinese Materia Medica, China Academy of Chinese Medical Sciences, Beijing 100700, China;State Key Laboratory of Dao-di Herbs, National Resource Center of Chinese Materia Medica, China Academy of Chinese Medical Sciences, Beijing 100700, China;State Key Laboratory of Dao-di Herbs, National Resource Center of Chinese Materia Medica, China Academy of Chinese Medical Sciences, Beijing 100700, China;State Key Laboratory of Dao-di Herbs, National Resource Center of Chinese Materia Medica, China Academy of Chinese Medical Sciences, Beijing 100700, China |
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