| 东莞地区诺如病毒ORF2基因克隆与进化树分析 |
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| 引用本文： | 陆小梅,黎四平.东莞地区诺如病毒ORF2基因克隆与进化树分析[J].中华医院感染学杂志,2013,23(8):1741-1744. |
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| 作者姓名： | 陆小梅 黎四平 |
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| 作者单位： | 东莞市儿科研究所分子生物研究室,广东东莞,523325 |
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| 摘 要： | 目的探讨东莞地区婴幼儿感染的诺如病毒ORF2基因序列特性,分析东莞地区诺如病毒的基因型。方法收集2004年和2009年东莞地区婴幼儿腹泻标本66份,参考诺如病毒Farmington Hills株(AY502023)基因组序列,自行设计了引物两段扩增ORF2基因的引物,短片段作为检测标本的片段,分段扩增病毒ORF2全长基因,PCR产物克隆于T载体上,序列测定,用ClustalW/X和MEGA5.0等软件进行序列特性分析和基因型分析。结果获得了3株ORF2全长基因,全长为1623bp,ORF2编码主要结构蛋白衣壳蛋白(VP1),VP1蛋白有两个主要区域:P区(protruding)和S区(shell);将病毒株NVdgsl0902、NVdgsl0910的P2区与诺如病毒GⅡ-4基因型中a、b、c、d、e、f 6个亚型的P2区氨苷酸序列进行同源性比较,同源性为86.0%～91.0%,而与2006b新变株为97.0%,病毒株NVdgsl0412的P2区与诺如病毒GⅡ-4基因型中a、b、c、d、f5个亚型的P2区氨苷酸序列进行同源性比较,同源性为88.0%～93.0%,与e亚型的同源性为98.1%。结论 NVdgsl0412属于GⅡ-4e型,NVdgsl0902、NVdgsl0910属于GⅡ-4f亚型的2006b新变异株,2004年与2009年东莞地区的诺如病毒流行株发生了变异,目前是以2006b新变异株作为主要的流行株。
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| 关 键 词： | 诺如病毒 P2区 序列分析 2006b病毒株 |
Phylogenetic analysis of ORF2 gene clone of human norovirus in Dongguan |
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