基于肝硬化代谢相关基因的肝细胞癌预后预测模型的构建 |
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作者姓名: | 柯丁心 龚拯 刘丽丽 曾周 王斌 张万明 |
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作者单位: | 1. 青岛大学基础医学院;2. 青岛大学华赛医学细胞和蛋白质药物研究院;3. 青岛万明赛伯药业有限公司 |
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基金项目: | 山东省重点研发计划项目(2019JZZY011009); |
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摘 要: | 目的 利用肝硬化代谢相关基因构建肝细胞癌(HCC)患者预后预测模型。方法 在肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中获取肝细胞癌及癌旁组织的表达图谱和临床数据,根据Wilcoxon检验和单因素分析确定与预后相关的差异基因,应用LASSO Cox回归模型在TCGA数据库中创建预后预测模型,并用国际癌症基因组联盟(ICGC)数据库进行验证。采用受试者工作特征(ROC)曲线、生存分析和多因素Cox分析评估模型的预后预测价值,采用校准曲线及临床决策曲线(DCA)验证模型的校准度和临床适应性。对高风险组和低风险组的风险差异基因进行GO、KEGG及ssGSEA分析。结果 TCGA数据库的筛选分析结果显示,有5个风险基因被纳入预后预测模型,分别为CYP2C9、ME1、MMP1、UQCRH、UQCRHL。由此获得的风险评分公式为:-0.059×CYP2C9+0.123×ME1+0.262×MMP1+0.111×UQCRH+0.306×UQCRHL。经TCGA及ICGC数据库训练和验证后显示,ROC曲线中患者1、2、3年生存率的曲线下面积均>0.65,生存分析显示低风险组的预后显著优于高风险组,单因素及...
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关 键 词: | 癌 肝细胞 基因表达谱 肝硬化 数据库 遗传学 预后 预后预测模型 |
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