| 基于生物信息学的结直肠癌生物标志物的筛选与分析 |
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| 引用本文： | 李建伟,韩佳玲,王端阳,岳欣蕾,胡和智.基于生物信息学的结直肠癌生物标志物的筛选与分析[J].现代肿瘤医学,2021,0(19):3419-3425. |
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| 作者姓名： | 李建伟 韩佳玲 王端阳 岳欣蕾 胡和智 |
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| 作者单位： | 1.河北工业大学人工智能与数据科学学院，天津 300401;
2.河北工业大学廊坊分校，河北 廊坊 065000 |
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| 基金项目： | National Natural Science Foundation of China(No.81672113）；国家自然科学基金资助项目（编号:81672113）；河北省自然科学基金资助项目（编号:C2018202083） |
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| 摘 要： | 目的:采用生物信息学方法分析结直肠癌（colorectal cancer,CRC）在转录组中的差异基因，建立基因互作网络，以期筛选出关键基因并探索其发病机制。方法:从TCGA数据库下载CRC转录组数据集，采用edgeR包筛选其差异基因。使用DAVID数据库对差异基因进行GO功能和KEGG通路富集分析。通过STRING数据库分析蛋白质互作网络，运用Cytoscape进行关键子网提取并构建KEGG通路-基因互作网络，最后结合生存分析等筛选并验证CRC潜在生物标志物。结果:对转录组数据集分析筛选出5 037个差异基因，其中上调基因1 571个、下调基因3 466个，从5 037个差异基因中提取到1 781个lncRNA。GO富集分析表明CRC的差异基因主要富集在钙离子结合、受体结合及结构分子活性等功能。KEGG富集分析表明其主要参与神经活性配体-受体相互作用和药物代谢-细胞色素p450等通路。使用Cytoscape软件提取出6个关键子网，通过各互作网络共筛选出288个关键基因，结合Kaplan Meier预后分析最终筛选发现67个CRC潜在调控基因（其中已有报道证实22个mRNA和7个lncRNA）具有预后价值，并采用ONCOMINE数据库进行了CRC临床样本验证。结论:本研究筛选出的67个潜在调控基因可作为CRC潜在生物标志物，为研究者创新CRC药物及治疗方案提供了新思路。
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| 关 键 词： | 生物信息学 结直肠癌 差异基因 富集分析 生物标志物 |
Screening and analysis of biomarkers in colorectal cancer based on bioinformatics |
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| LI Jianwei,HAN Jialing,WANG Duanyang,YUE Xinlei,HU Hezhi.Screening and analysis of biomarkers in colorectal cancer based on bioinformatics[J].Journal of Modern Oncology,2021,0(19):3419-3425. |
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| Authors: | LI Jianwei HAN Jialing WANG Duanyang YUE Xinlei HU Hezhi |
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| Institution: | 1.College of Artificial Intelligence and Data Science,Hebei University of Technology,Tianjin 300401,China;2.Hebei University of Technology,Hebei Langfang 065000,China. |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | bioinformatics colorectal cancer differential genes enrichment analysis biomarkers |
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