艰难梭菌TPI蛋白的生物信息学分析 |
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引用本文: | 李刚,赵梅,马红,杨丹,李莎莎,贾伟.艰难梭菌TPI蛋白的生物信息学分析[J].中国病原生物学杂志,2023(7):765-769+776. |
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作者姓名: | 李刚 赵梅 马红 杨丹 李莎莎 贾伟 |
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作者单位: | 1. 宁夏医科大学总医院医学实验中心;2. 宁夏医科大学总医院医学科学研究院 |
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基金项目: | 宁夏自然科学基金项目(No.2021AAC05020); |
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摘 要: | 目的 利用生物信息学方法对艰难梭菌TPI蛋白的结构和功能进行分析并预测其优势B细胞以及T细胞抗原表位。方法 在NCBI数据库获取TPI蛋白的氨基酸序列;使用ProtParam软件分析蛋白的理化性质;通过Signal 6.0 Sercer和TMHMM 2.0 Sercer软件预测蛋白的信号肽及跨膜区;采用SOMPA和SWISS-MODEL软件分析蛋白的二级结构和三级结构;利用软件ABCpred、IEDB和SYFPEITHI预测TPI蛋白的优势T、B细胞表位。结果 TPI蛋白由247个氨基酸组成,理论pI值5.05;归类于稳定蛋白质,属于亲水性蛋白;不含信号肽序列及跨膜结构域;蛋白的二级结构中α螺旋占52.63%,延伸链占15.38%,β-转角占7.69%,无规卷曲占24.29%;预测该蛋白含有多个优势B细胞及T细胞表位。结论 通过生物学信息的方法预测艰难梭菌TPI蛋白含有多个潜在的B细胞及T细胞抗原表位,为艰难梭菌感染的血清学诊断和亚单位疫苗的研制提供了理论基础。
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关 键 词: | 艰难梭菌 TPI蛋白 生物信息学分析 抗原表位 |
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