黑素瘤相关DNA甲基化位点的初步筛查及异常甲基化谱的构建

【摘要】 目的 运用基因芯片技术筛查与黑素瘤相关的DNA异常甲基化位点,初步构建黑素瘤特异性甲基化谱。方法 采用Illumina Human Methylation 450K全基因组甲基化芯片对6例黑素瘤组织及其瘤旁组织标本进行全基因组DNA检测,得出差异DNA甲基化位点。采用Gene Ontology（GO）富集分析及KEGG_Pathway分析了解基因功能。结果 基因芯片检测结果显示,黑素瘤组织与瘤旁组织存在差异甲基化位点,共27 779个,其中16 673个为高甲基化位点,11 106个低甲基化位点。提高筛选条件为P < 0.01、︳Δβ︳ > 0.2,过滤掉所有单核苷酸多态性相关探针、位于XY染色体上的探针以及交叉反应的探针,共筛选得到4 883个差异甲基化位点,其中1 459（30%）个位于启动子区（包括TSS1500、TSS200、5′UTR、1st Exon）。GO富集分析显示,差异甲基化基因参与的生物学过程主要包括细胞生长、分化、黏附、运动迁移、信号转导及转录调控等。KEGG_Pathway分析显示,差异甲基化基因主要参与黏着斑、癌症通路、转化生长因子β信号通路、磷脂酰肌醇信号通路、黑素生成、趋化因子信号通路、黏合连接、钙信号通路、细胞黏附分子、MAPK信号通路、Wnt信号通路、JAK-STAT信号通路。基于“启动子区高甲基化位点对应的前16个基因、出现甲基化频率最高（CpG位点 ≥ 7）的基因、具有一定的功能或参与某条信号通路”条件,选出8个基因（KAAG1、DGKE、SOCS2、TFAP2A、GNMT、GALNT3、ANK2、HOXA9）作为黑素瘤候选生物标志物。结论 黑素瘤组织存在较多高甲基化基因,8个差异甲基化基因有可能作为黑素瘤的生物标志物。

Screening of DNA methylation sites associated with melanoma and construction of an aberrant methylation profile: a preliminary study