基于生物信息学构建GOPC的皮肤黑素瘤预后模型

目的：基于生物信息学构建GOPC(golgi associated PDZ and coiled-coil motif containing)的皮肤黑素瘤（Skin cutaneous melanoma,SKCM）预后模型，进一步为SKCM的早期筛查发挥一定的指导意义。方法：提取癌症基因组图谱TCGA数据库中的SKCM数据和GTEx数据库对应的正常组织数据。利用ggplot2包绘制GOPC在两者之间的表达差异。采用基因本体（GO）数据库和京都基因与基因组百科全书（KEGG）数据库对GOPC基因进行进一步功能富集分析，探索该基因潜在的功能和通路。采用单因素/多因素Cox回归分析筛选与SKCM相关的影响因素，再通过rms包构建列线图建立SKCM患者预后模型，ROC曲线评价构建的模型预测SKCM患者预后的价值，最后通过survival包构建关于总生存期（Overall survival,OS）的生存曲线。结果：在1282例样本中正常组织样本有813例、皮肤黑素瘤组织样本有469例，发现GOPC在这两组之间有表达差异（P <0.001）。该模型预测SKCM患者总生存的ROC曲线下面积（A...