| 冈田绕眼果蝇基因组序列特征研究北大核心CSCD |
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| 引用本文： | 王莉君,马培玉,蔡娟,黄琳,王灵军,刘晖,曹建平,郑明辉.冈田绕眼果蝇基因组序列特征研究北大核心CSCD[J].中国病原生物学杂志,2019(8):925-929. |
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| 作者姓名： | 王莉君 马培玉 蔡娟 黄琳 王灵军 刘晖 曹建平 郑明辉 |
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| 作者单位： | 1.遵义医科大学寄生虫学教研室563003;2.贵州省教育厅基因检测与治疗特色重点实验室;;3.河南省焦作市公安局刑事科学技术研究所;;4.中国疾病预防控制中心; |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(No.81560336,81760373)；贵州省科技厅科技基金(黔科合基础[2016]1168)；遵义医学院博士启动基金项目(No.F-795)；卫生部寄生虫病原与媒介生物学重点实验室开放课题(No.WSBKFKT-201609) |
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| 摘 要： | 目的了解冈田绕眼果蝇(Amiota okadai, A. o)基因组序列特征。方法采用Genscan、Augustus、Glimmer、HMM、GeneID和SNAP等软件对冈田绕眼果蝇基因组测序数据进行从头预测;用GeMoMa软件进行同源预测,利用EVM软件对预测结果进行整合,并结合已获得的冈田绕眼果蝇RNA-seq数据对冈田绕眼果蝇基因进行结构优化、以预测其基因组全部基因并在公共数据库及专有数据库中进行注释。结果对冈田绕眼果蝇基因组进行注释及优化分析,共得到11 510个具有较高可信度的基因;在公共数据库中进行BLAST比对,98.53%的基因得到注释,其中NR数据库中注释的基因数目(占98.20%)较多,可富集到KEGG的基因数目(占43.15%)较少;通过KOG数据库分析功能基因,共得到4 967个功能基因。在3个专有数据库中(TCDB、CAZyme和PHI)中进行比对,分别注释获得了291、359和2 574个基因,其中PHI数据库中可注释的基因(2 574个)较多。结论初步揭示了冈田绕眼果蝇基因组序列特征和注释信息,共得到11 510个基因,为其基因组序列特征研究奠定了基础。
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| 关 键 词： | 冈田绕眼果蝇 基因组 序列分析 功能基因 |
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