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基于单细胞RNA测序探讨小鼠全层皮肤缺损创面中真皮成纤维细胞的生长因子调控网络题录
作者姓名:孙礼祥  吴帅  张小薇  刘文杰  张凌娟
作者单位:1. 厦门大学药学院
基金项目:国家重点研发计划(2020YFA0112901);;国家自然科学基金面上项目(81971551);;国家自然科学基金青年科学基金项目(82103702);;中国博士后科学基金(2020M682095);
摘    要:目的基于单细胞RNA测序探讨小鼠全层皮肤缺损创面中真皮成纤维细胞(dFb)的异质性与生长因子调控网络。方法采用实验研究方法。取5只8周龄雄性健康C57BL/6小鼠(鼠龄、性别、品系下同)正常皮肤组织, 另取5只背部全层皮肤缺损小鼠伤后7 d创面组织, 用胶原酶D和DNA酶Ⅰ消化组织获得细胞悬液, 用10x Genomics平台构建测序文库, 用Illumina Novaseq6000测序仪进行单细胞RNA测序。采用R4.1.1软件的Seurat 3.0程序分析获得2种组织细胞的基因表达矩阵, 采用按细胞群、细胞来源、标记皮肤中主要细胞基因分类的二维tSNE云图进行可视化展示。根据已有文献报道和CellMarker数据库检索情况, 分析2种组织细胞的基因表达矩阵中标志基因表达情况, 对各细胞群进行编号和定义。将基因表达矩阵和细胞分群信息导入R4.1.1软件的CellChat 1.1.3程序, 分析2种组织中细胞间通信以及创面组织血管内皮生长因子(VEGF)、血小板衍生生长因子(PDGF)、表皮生长因子(EGF)、成纤维细胞生长因子(FGF)信号通路中的细胞间通信, 2种组织中FGF的各亚...

关 键 词:伤口愈合  皮肤  真皮  成纤维细胞  成纤维细胞生长因子  单细胞RNA测序  生长因子  细胞间通信
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