| 复发性喉乳头状瘤中潜在生物学标志物的筛选及生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 齐雯雯,陈鲁秋,贾涛,陈雪梅,张杰,张皓,金鹏,张虎. 复发性喉乳头状瘤中潜在生物学标志物的筛选及生物信息学分析[J]. 山东大学耳鼻喉眼学报, 2021, 35(5): 75-84. DOI: 10.6040/j.issn.1673-3770.0.2021.068 |
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| 作者姓名： | 齐雯雯 陈鲁秋 贾涛 陈雪梅 张杰 张皓 金鹏 张虎 |
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| 作者单位： | 山东大学第二医院耳鼻咽喉头颈外科,山东济南250033;山东大学齐鲁医院小儿外科,山东济南250012;济南市章丘区人民医院耳鼻喉科,山东济南250200 |
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| 基金项目： | 山东省重点研发计划(2018GSF118091) |
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| 摘 要： | 目的通过生物信息学技术筛选复发性喉乳头状瘤中表达的差异基因,为复发性喉乳头状瘤的治疗提供新的思路和靶点。方法从GEO数据库下载复发性喉乳头状瘤的芯片数据集GSE10935,使用在线分析工具GEO2R筛选复发性喉乳头状瘤及其相邻正常喉黏膜组织间的差异表达基因,使用网络分析工具Metascape进行差异基因的GO分析及KEGG通路富集,通过STRING在线软件进行差异表达基因的蛋白-蛋白相互作用分析,并应用Cytoscape对蛋白-蛋白相互作用网络进行模块分析。最后,使用转录因子富集分析数据库ChEA3预测复发性喉乳头状瘤组织中差异表达基因的关键转录因子。结果在10对复发性喉乳头状瘤组织及其相邻的正常喉黏膜组织间共筛选出53个差异表达基因(DEGs)(|logFC|>1,adj P<0.05),其中上调的DEGs共30个,下调的DEGs共23个。GO分析和KEGG通路富集显示,这些差异表达的基因主要富集在多个代谢、免疫调节及PPAR信号通路等。通过蛋白-蛋白相互作用网络的构建及模块分析,筛选出SLC27A2、SCD、ECI2及FADS2四个枢纽差异表达基因。进一步的分析发现,TP63为复发性喉乳头状瘤中最为重要的转录因子。结论为进一步深入理解复发性喉乳头状瘤的生物学机制、探索其治疗的有效方案提供了新思路。
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| 关 键 词： | 喉乳头状瘤 复发 差异表达基因 生物信息学分析 |
Potential biomarkers and bioinformatics analysis of differentially expressed genes in recurrent laryngeal papilloma |
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| QI Wenwen,CHEN Luqiu,JIA Tao,CHEN Xuemei,ZHANG Jie,ZHANG Hao,JIN Peng,ZHANG Hu. Potential biomarkers and bioinformatics analysis of differentially expressed genes in recurrent laryngeal papilloma[J]. Journal of Otolaryngology and Ophthalmology of Shandong University, 2021, 35(5): 75-84. DOI: 10.6040/j.issn.1673-3770.0.2021.068 |
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| Authors: | QI Wenwen CHEN Luqiu JIA Tao CHEN Xuemei ZHANG Jie ZHANG Hao JIN Peng ZHANG Hu |
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| Affiliation: | 1. Department of Otorhinolaryngology & Head and Neck Surgery, The Second Hospital, Cheeloo College of Medicine, Shandong University, Jinan 250033, Shandong, China;2. Department of Pediatric Surgery, Qilu Hospital, Cheeloo College of Medicine, Shandong University, Jinan 250012, Shandong, China;3. Department of Otolaryngology, Jinan Zhangqiu District People's Hospital, Jinan 250200, Shandong, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Laryngeal papilloma Recurrent Differentially expressed genes Bioinformatics analysis |
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