| 基于16S rRNA测序分析CRE定植对ICU患者肠道微生物的影响 |
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| 引用本文： | 康佳,赵志军,贾伟.基于16S rRNA测序分析CRE定植对ICU患者肠道微生物的影响[J].中国感染控制杂志,2023(10):1239-1245. |
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| 作者姓名： | 康佳 赵志军 贾伟 |
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| 作者单位： | 1.宁夏医科大学总医院医学实验中心, 宁夏 银川 750000;2.宁夏病原微生物重点实验室, 宁夏 银川 750000 |
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| 基金项目： | 宁夏回族自治区重点研发计划项目(2021BEG03090);宁夏医科大学总医院新入职硕士培养项目 |
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| 摘 要： | 目的 采用16S rRNA测序方法分析耐碳青霉烯类肠杆菌(CRE)定植对重症监护病房(ICU)患者肠道微生物的影响。 方法 收集ICU患者新鲜粪便或肛拭子标本, 接种于含有2 μg/mL厄他培南的MacConkey平板上培养。采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)对菌株进行鉴定, 纸片扩散法对菌株进行药敏分析, 采用聚合酶链式反应(PCR)对初步筛查出的CRE菌株进行16S rDNA片段扩增, 采用微量肉汤稀释法进一步确定CRE。最后, 分别提取CRE定植组与非定植组患者的粪便或肛拭子标本基因组DNA在HiSeq平台进行16S rRNA测序分析。 结果 共收集ICU患者粪便或肛拭子标本241份, 其中CRE阳性标本17份。16S扩增子V3~V4区测序共分离到726 OTUs, CRE未定植组有631 OTUs, CRE定植组有480 OTUs, 两组间共有385 OTUs。这些共有OTUs绝大多数属于厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、疣微菌门及放线菌门。在纲水平上, CRE定植前后γ-变形菌纲(W=193.000, P＜0.001, FDR=0.004)和互营养菌(W=37.500, P=0.001, FDR=0.018)相对丰度差异有统计学意义。在种水平上, 两组间肺炎克雷伯菌(W=195.000, P＜0.001)、解糖肠球菌(W=153.000, P=0.038)及弯曲杆菌(W=63.500, P=0.050)比较差异有统计学意义。未发现肠道CRE定植对ICU患者肠道微生物KEGG功能通路有显著影响。 结论 CRE定植会降低ICU患者肠道微生物的多样性, CRE定植组在肺炎克雷伯菌、解糖肠球菌及弯曲杆菌的丰度上与非定植组存在显著差异。
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| 关 键 词： | 肠道微生物 CRE 定植 16S rRNA测序 重症监护病房 ICU |
| 收稿时间： | 2023/5/5 0:00:00 |
Impact of CRE colonization on gut microbes in ICU patients based on 16S rRNA sequencing |
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| Jia KANG,Zhi-jun ZHAO,Wei JIA.Impact of CRE colonization on gut microbes in ICU patients based on 16S rRNA sequencing[J].Chinese Journal of Infection Control,2023(10):1239-1245. |
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| Authors: | Jia KANG Zhi-jun ZHAO Wei JIA |
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| Institution: | 1.Laboratory Medical Center, General Hospital of Ningxia Medical University, Yinchuan 750000, China;2.Ningxia Key Laboratory of Clinical and Pathogenic Microbiology, Yinchuan 750000, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | gut microbe CRE colonization 16S rRNA sequencing intensive care unit ICU |
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